Captive rearing effects on the methylome of Atlantic salmon after oceanic migration: Sex‐specificity and intergenerational stability
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Captive rearing in salmon hatcheries can have considerable impacts on both fish phenotype and fitness within a single generation, even in the absence of genetic change. Evidence for hatchery‐induced changes in DNA methylation is becoming abundant, though questions remain on the sex‐specificity of these effects, their persistence until spawning and potential for transmission to future generations. Here we performed whole genome methylation sequencing of fin tissue for 16 hatchery and 16 wild Atlantic salmon ( Salmo salar ) returning to spawn in the Rimouski River, Québec, Canada. We identified two cohorts of hatchery‐reared salmon through methylation analysis, one of which was epigenetically similar to wild fish, suggesting that supplementation efforts may be able to minimize the epigenetic effects of hatchery rearing. We found considerable sex‐specific effects of hatchery rearing, with few genomic regions being affected in both males and females. We also analysed the methylome of 32 F 1 offspring from four groups (pure wild, pure hatchery origin and reciprocal hybrids). We found that few epigenetic changes due to parental hatchery rearing persisted in the F 1 offspring though the patterns of inheritance appear to be complex, involving nonadditive effects. Our results suggest that the epigenetic effects of hatchery rearing can be minimal in F 0 . There may also be minimal epigenetic inheritance and rapid loss of epigenetic changes associated with hatchery rearing. However, due to sex‐specificity and nonadditive patterns of inheritance, methylation changes due to captive rearing are rather complex and the field would benefit from further research on minimizing the epigenetic effects of captive rearing in conservation efforts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».