In Silico Fragment-Based Drug Design and Molecular Docking of Tranilast Analogues as Potential Inhibitors of Transforming Growth Factor- β Receptor Type 1
Notice bibliographique
Résumé
Transforming Growth Factor- β Receptor type 1 (TGF-βR1) is an important anticancer target involved in promoting cell proliferation, progression, and metastasis through the induction of angiogenesis and suppression of immunological responses during the late stage of malignancy. Tranilast was initially approved for the treatment of bronchial asthma and allergic conditions in 1982. Later, it was revealed that Tranilast had numerous effects on cancer hallmarks, including immune evasion and sustained proliferation via the inhibition of TGF-βR1. This research describes the design of a novel series of anthranilate derivatives having various modes of interactions with TGF-βR1 compared with Tranilast. A database of novel Tranilast analogues was generated using Molecular Operating Environment Software (MOE 2020.09, Chemical Computing Group CCG, Montréal, Canada) using fragment-based drug design. Representative compounds were selected from the database and docked in the identified binding site of TGF-βR1. Several compounds showed higher binding affinity for TGF-βR1 compared with the lead compound in this work, Tranilast. Compounds with high docking scores contained a positively charged amine group that interacted with Asp290 or a negatively charged carboxylate group with Lys 335 in the TGF-βR1 ATP binding site. Additionally, compounds containing an aromatic group showed high docking scores through interacting with Ser287, Lys337, or Ile 211. Compounds A11, A14, A16, and B5 which had the best poses in terms of binding interactions and docking scores to the binding site will be considered for further synthesis and biological evaluation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».