DNA methylation as a potential mediator of the association between indoor air pollution and neurodevelopmental delay in a South African birth cohort
Notice bibliographique
Résumé
Background and Aim Prenatal exposure to indoor air pollution (IAP) has been linked to neurodevelopmental delay in toddlers. Changes in DNA methylation (DNAm) have been independently associated with both prenatal air pollution exposure and delayed neurodevelopment. Investigating DNAm as a mediator may help to elucidate the biological pathways driving the association between IAP and neurodevelopmental delay. In this study, we aim to identify differentially methylated CpG sites and gene regions that mediate this association. Methods We analyzed data from 142 mother-child pairs enrolled in the South African Drakenstein Child Health Study. DNAm from cord blood was measured using the Infinium MethylationEPIC and HumanMethylation450 arrays. Particulate matter with an aerodynamic diameter of 10m or less (PM10) was measured inside participants’ homes during the second trimester of pregnancy. Neurodevelopment was assessed at age 2 years using the Bayley Scales of Infant and Toddler Development III in four domains (cognitive function, general adaptive behavior, language, and motor function). We used three high-dimensional mediation analysis techniques (HIMA, DACT and gHMA) to identify potential mediators, complemented with causal mediation analysis to assess the robustness of our results. Results Differential methylation at 29 CpG sites and 4 gene regions (GOPC, RP11-74K11.1, DYRK1A, RNMT) was found to significantly mediate the association between prenatal PM10 exposure and cognitive neurodevelopment. Estimated proportion mediated (95%-confidence interval) ranged from 0.29 (0.01,0.86) for cg00694520 to 0.54 (0.11,1.56) for cg05023582. Conclusions DYRK1A and several of the genes our CpG sites mapped to, including CNKSR1, IPO13, IFNGR1, LONP2, and CDH1 are associated with biological pathways implicated in neurodevelopment and three of our identified CpG sites (cg23560546, cg22572779, cg15000966) have been previously associated with fetal brain development. These findings suggest that DNAm may mediate the association between prenatal PM10 exposure and cognitive neurodevelopment. Keywords: particulate matter, neurodevelopment, cord blood, epigenetics, newborn DNA methylation
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».