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Enregistrement W4320086217 · doi:10.48550/arxiv.2206.01653

Metrics reloaded: Recommendations for image analysis validation

2022· preprint· en· W4320086217 sur OpenAlexfundno aff
Lena Maier‐Hein, Annika Reinke, Patrick Godau, Minu D. Tizabi, Florian Buettner, Evangelia Christodoulou, Ben Glocker, Fabian Isensee, Jens Kleesiek, Michal Kozubek, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Manuel Wiesenfarth, Ali Emre Kavur, Carole H. Sudre, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, Tim Rädsch, Laura Ación, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew B. Blaschko, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrián Galdrán, Bram van Ginneken, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Florian Kofler, Annette Kopp‐Schneider, Anna Kreshuk, Tahsin Kurç, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier‐Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Nasir Rajpoot, Nicola Rieke, Julio Sáez-Rodríguez, Clara I. Sá‎nchez, Shravya Shetty, Maarten van Smeden, Ronald M. Summers, Abdel Aziz Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben Van Calster, Gaël Varoquaux, Paul F. Jäger

Notice bibliographique

RevuearXiv (Cornell University) · 2022
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueArtificial Intelligence in Healthcare and Education
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteMedical Research CouncilNational Institutes of HealthMasarykova UniverzitaNovo Nordisk FondenUniversidad de Buenos AiresUniversity of PennsylvaniaNovo NordiskKU LeuvenUniversity of OxfordCancer Research UKUniversity College LondonUniversitetet i TromsøKing's College LondonOulun YliopistoSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Institute of Neurological Disorders and StrokeCanadian Institute for Advanced ResearchRoyal Academy of EngineeringNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNIH Clinical CenterAgence Nationale de la RechercheInnosuisse - Schweizerische Agentur für InnovationsförderungAlzheimer's SocietySchool of Medicine, Indiana UniversityEuropean CommissionSilicon Valley Community FoundationBroad InstituteUniversity of BernSydäntutkimussäätiöDeutsches KrebsforschungszentrumNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaConsejo Nacional de Investigaciones Científicas y TécnicasFoundation for Cardiovascular ResearchMcGill UniversityNational Science Foundation
Mots-clésComputer scienceProcess (computing)Metric (unit)Data miningDomain (mathematical analysis)Object (grammar)Representation (politics)Task (project management)Machine learningArtificial intelligenceMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Increasing evidence shows that flaws in machine learning (ML) algorithm validation are an underestimated global problem. Particularly in automatic biomedical image analysis, chosen performance metrics often do not reflect the domain interest, thus failing to adequately measure scientific progress and hindering translation of ML techniques into practice. To overcome this, our large international expert consortium created Metrics Reloaded, a comprehensive framework guiding researchers in the problem-aware selection of metrics. Following the convergence of ML methodology across application domains, Metrics Reloaded fosters the convergence of validation methodology. The framework was developed in a multi-stage Delphi process and is based on the novel concept of a problem fingerprint - a structured representation of the given problem that captures all aspects that are relevant for metric selection, from the domain interest to the properties of the target structure(s), data set and algorithm output. Based on the problem fingerprint, users are guided through the process of choosing and applying appropriate validation metrics while being made aware of potential pitfalls. Metrics Reloaded targets image analysis problems that can be interpreted as a classification task at image, object or pixel level, namely image-level classification, object detection, semantic segmentation, and instance segmentation tasks. To improve the user experience, we implemented the framework in the Metrics Reloaded online tool, which also provides a point of access to explore weaknesses, strengths and specific recommendations for the most common validation metrics. The broad applicability of our framework across domains is demonstrated by an instantiation for various biological and medical image analysis use cases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,262
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,593
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,738
Score d'incertitude au seuil0,910

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,2620,593
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0050,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,004
Bibliométrie0,0200,012
Études des sciences et des technologies0,0040,009
Communication savante0,0190,037
Science ouverte0,0120,014
Intégrité de la recherche0,0100,014
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0100,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,423
Tête enseignante GPT0,361
Écart entre enseignants0,062 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations62
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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