Developing microsatellite markers for Cypripedium passerinum (Sparrow’s egg lady’s slipper)
Notice bibliographique
Résumé
Natural and anthropogenic disturbances contribute to increased habitat loss and fragmentation and subsequently, species loss. Integrated conservation approaches combine both in-situ and ex-situ approaches whereby natural habitats of endangered species are conserved, and the genetic diversity of the threatened population is retained outside of their natural habitat. Therefore, an essential component of an effective conservation strategy is to assess genetic variation to ensure that the conservation approach employed is effective in preserving the diversity of the whole population. Microsatellites, highly polymorphic repetitive DNA sequences in the genome of all organisms, have proven to be a valuable tool in the assessment of genetic diversity. This project aimed to isolate microsatellite markers from Cypripedium passerinum, a native North American terrestrial orchid at risk of extinction. Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats (FIASCO) was employed to generate a genomic DNA library enriched for AT, AC, and AAG microsatellites. Clones were selected from the libraries and bidirectionally sequenced to identify those which contain microsatellites. A total of 158 microsatellite loci were identified, of which 83% were perfect microsatellites. PCR primers were developed using the unique sequences flanking the identified microsatellites and were evaluated for their utility. Primers amplifying polymorphic loci can be used to assess the genetic diversity of C. passerinum populations both within the Wagner Natural Area, Alberta, Canada and elsewhere in its range of distribution. The project findings will contribute to the integrated conservation efforts to protect species found in Wagner Natural Area and contribute to our understanding of C. passerinum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».