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Enregistrement W4320913967 · doi:10.36899/japs.2023.3.0655

MOLECULAR CHARACTERIZATION OF COLD TOLERANT GERMPLASM OF PHASEOLUS BEANS WITH SEQUENCE RELATED AMPLIFIED POLYMORPHISM (SRAP) AND RETROTRANSPOSON-BASED INTERPRIMER BINDING SITES (iPBS) MARKERS

2023· article· en· W4320913967 sur OpenAlexfundno aff
B.T. Certel, Hatice İkten, Yusuf Yılmaz, Faik Kantar, Vahdettin Çi̇ftçi̇, V. Gözen, A. Tepe

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Animal and Plant Sciences · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant pathogens and resistance mechanisms
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesAgricultural Research ServiceTürkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma KurumuAlberta Agricultural Research InstituteU.S. Department of Agriculture
Mots-clésGermplasmBiologyRetrotransposonGeneticsCold tolerancePhaseolusPolymorphism (computer science)GenotypeBotanyGeneGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In this study genetic diversity of 55 Phaseolus sp. beans selected for cold tolerance from different regions of Türkiye was investigated by using sequence related amplified polymorphism (SRAP) and retrotransposon-based interprimer binding sites (iPBS)markers. Four commercially registered cultivars, one accession of Phaseolus coccineus and a tepary bean Phaseaolus acutifolius species were included for comparison. Genomic DNA was isolated from young fresh leaves and PCR reaction was carried out using 30 SRAP (sequence related amplified polymorphism) and 12 iPBS (retrotransposon-based interprimer binding sites) primers. Similarity analyses were performed and dendrograms were produced according to the Unweighted Pair-Group Mean Arithmetic method (UPGMA). In PCR reactions, 331 total and 146 polymorphic bands were produced with 30 SRAP primer combinations. The number of polymorphic bands ranged between 1 and 12 with an average 4.86 polymorphic marker for each primer pair. Twelve iPBS primers produced 156 total bands and 72 of them were polymorphic. The highest polymorphism was obtained with SRAP primer combinations of Me8Em3 and Me7Em14 and iPBS primers 2270, 2394 and 2252. Characterization of germplasm with SRAP and iPBS primers was discussed in relation to cold tolerance, species, source, seed size, seed color and growth type. In conclusion, genetic variability of germplasm of 55 Phaseolus bean species, genotypes and cultivars selected for cold tolerance were effectively assessed by PCR based molecular techniques, SRAP and iPBS. High levels of polymorphism determined in the core collection may be used in breeding programs for the development of cold tolerant superior cultivars. Key words: Phaseolus sp. Beans, Chilling Tolerance, Landraces, Genetic Diversity

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,146
Score d'incertitude au seuil0,135

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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