Identifying hepatic genes regulating the ovine response to gastrointestinal nematodes using RNA-Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Gastrointestinal nematode (GIN) infections are considered the most important disease of grazing sheep and due to increasing anthelmintic resistance, chemical control alone is inadequate. Resistance to Gastrointestinal nematode infection is a heritable trait, and through natural selection many sheep breeds have higher resistance. Studying the transcriptome from GIN-exposed and GIN-unexposed sheep using RNA-Sequencing technology can provide measurements of transcript levels associated with the host response to Gastrointestinal nematode infection, and these transcripts may harbor genetic markers that can be used in selective breeding programs to enhance disease resistance. The objective of this study was to compare liver transcriptomes of sheep naturally exposed to Gastrointestinal nematode s, with either high or low parasite burdens, to GIN-unexposed control sheep in order to identify key regulator genes and biological processes associated with Gastrointestinal nematode infection. Differential gene expression analysis revealed no significant differentially expressed genes (DEG) between sheep with a high or low parasite burden (p-value ≤0.01; False Discovery Rate (FDR) ≤ 0.05; and Fold-Change (FC) of > ±2). However, when compared to the control group, low parasite burden sheep showed 146 differentially expressed genes (64 upregulated and 82 downregulated in the low parasite burden group relative to the control), and high parasite burden sheep showed 159 differentially expressed genes (57 upregulated and 102 downregulated in the low parasite burden group relative to the control) (p-value ≤0.01; FDR ≤0.05; and FC of > ±2). Among these two lists of significant differentially expressed genes, 86 differentially expressed genes (34 upregulated, 52 downregulated in the parasited group relative to the control) were found in common between the two parasite burden groups compared to the control (GIN-unexposed sheep). Functional analysis of these significant 86 differentially expressed genes found upregulated genes involved in immune response and downregulated genes involved in lipid metabolism. Results of this study offer insight into the liver transcriptome during natural Gastrointestinal nematode exposure that helps provide a better understanding of the key regulator genes involved in Gastrointestinal nematode infection in sheep.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».