Genome-wide comparisons reveal broad variations in intraspecific SNP frequencies among species in Agaricomycetes, Basidiomycota
Notice bibliographique
Résumé
<ns3:p> <ns3:bold>Background:</ns3:bold> Genome sequence analyses can provide crucial information for understanding population history, speciation, and taxonomy. In Class Agaricomycetes where most mushroom-forming fungi belong, most species so far have been defined based on morphological, ecological, and/or molecular features. At present, there is little information on how species defined based on such features reflect their genome sequence diversity. In this study, we investigated genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) frequencies between strains within species to understand the patterns of variation. </ns3:p> <ns3:p> <ns3:bold>Methods:</ns3:bold> A total of 112 species in 72 genera of Agaricomycetes contained the nuclear and/or mitochondrial genome sequences from at least two strains each in public databases. Together, we obtained 398 and 106 available nuclear and mitochondrial genomes respectively from these taxa. Pairwise strain comparisons of the nuclear and mitochondrial genomes within individual species were conducted to obtain their SNP frequencies. </ns3:p> <ns3:p> <ns3:bold>Results:</ns3:bold> The SNP frequencies between nuclear genomes within individual species ranged 0–7.69% while for the mitochondrial genome, the pairwise strain SNP frequencies ranged 0–4.41%. The Spearman’s non-parametric rank correlation test showed a weak but statistically significant positive correlation between the paired nuclear and mitochondrial genome SNP frequencies. Overall, we observed a significantly higher SNP frequency in the nuclear genome than in the mitochondrial genomes between strains within most species. Interestingly, across the broad Basidiomycetes, the ratios of mitochondrial genome SNPs and nuclear genome SNPs between pairs of strains within each species were almost all lower than 1, with a mean of 0.24. </ns3:p> <ns3:p> <ns3:bold>Conclusions:</ns3:bold> Our analyses revealed broad variations among species in their intraspecific SNP frequencies in both the nuclear and mitochondrial genomes. However, there was broad consensus among the examined species in their mitochondrial to nuclear genome SNP ratios, suggesting that such a ratio could potentially serve as an indicator for genome sequence-based species identification. </ns3:p>
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».