Antimicrobial resistance of endometrial bacterial isolates collected from UK Thoroughbred mares between 2014 and 2020
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Antimicrobial resistance (AMR) is important in equine reproduction, as antimicrobials have historically been widely used in the management of breeding mares. However, evidence of the characteristics of AMR in uterine isolates is limited in the UK. The objective of this retrospective study was therefore to describe temporal changes in AMR patterns of bacteria isolated from the endometrium of Thoroughbred broodmares in south-east England between 2014 and 2020. METHOD: Endometrial swabs were processed for microbiology and antimicrobial susceptibility testing (AST). For frequently isolated bacteria, changes in AMR patterns over time were assessed using a logistic regression model. RESULTS: From 18,996 endometrial swabs, 30.5% were positive for microbial culture. AST was performed on 2091 isolates, representing 1924 swabs collected from 1370 mares located at 132 premises. Beta-haemolytic Streptococcus (BHS, 52.5%) and Escherichia coli (25.8%) were most frequently isolated. In BHS, resistance to enrofloxacin (p = 0.02), nitrofurazone (p < 0.001) and oxytetracycline (p < 0.01) increased significantly between 2014 and 2020, while resistance to trimethoprim-sulfamethoxazole (p < 0.001) decreased. In E. coli, resistance to nitrofurazone increased (p = 0.04) and resistance to gentamycin (p = 0.02) and trimethoprim-sulfamethoxazole (p < 0.001) decreased. LIMITATIONS: Variations in the specimen collection protocols might have affected the frequency of isolates detected. CONCLUSION: Between 2014 and 2020, AMR changed in this bacterial population. However, there was no significant increase in resistance to penicillin (99.6% BHS susceptible), gentamycin (81.7% E. coli susceptible) or ceftiofur.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».