Hollow Octadecameric Self-Assembly of Collagen-like Peptides
Notice bibliographique
Résumé
The folding of collagen is a hierarchical process that starts with three peptides associating into the characteristic triple helical fold. Depending on the specific collagen in question, these triple helices then assemble into bundles reminiscent of α-helical coiled-coils. Unlike α-helices, however, the bundling of collagen triple helices is very poorly understood with almost no direct experimental data available. In order to shed light on this critical step of collagen hierarchical assembly, we have examined the collagenous region of complement component 1q. Thirteen synthetic peptides were prepared to dissect the critical regions allowing for its octadecameric self-assembly. We find that short peptides (under 40 amino acids) are able to self-assemble into specific (ABC) 6 octadecamers. This requires the ABC heterotrimeric composition as the self-assembly subunit, but does not require disulfide bonds. Self-assembly into this octadecamer is aided by short noncollagenous sequences at the N-terminus, although they are not entirely required. The mechanism of self-assembly appears to begin with the very slow formation of the ABC heterotrimeric helix, followed by rapid bundling of triple helices into progressively larger oligomers, terminating in the formation of the (ABC) 6 octadecamer. Cryo-electron microscopy reveals the (ABC) 6 assembly as a remarkable, hollow, crown-like structure with an open channel approximately 18 Å at the narrow end and 30 Å at the wide end. This work helps to illuminate the structure and assembly mechanism of a critical protein in the innate immune system and lays the groundwork for the de novo design of higher order collagen mimetic peptide assemblies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».