Subcortical brain alterations in carriers of genomic copy number variants
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: Copy number variants (CNVs) are well-known genetic pleiotropic risk factors for multiple neurodevelopmental and psychiatric disorders (NPDs) including autism (ASD) and schizophrenia (SZ). Overall, little is known about how different CNVs conferring risk for the same condition may affect subcortical brain structures and how these alterations relate to the level of disease risk conferred by CNVs. To fill this gap, we investigated gross volume, and vertex level thickness and surface maps of subcortical structures in 11 different CNVs and 6 different NPDs. Methods: Subcortical structures were characterized using harmonized ENIGMA protocols in 675 CNV carriers (at the following loci: 1q21.1, TAR, 13q12.12, 15q11.2, 16p11.2, 16p13.11, and 22q11.2) and 782 controls (Male/Female: 727/730; age-range: 6-80 years) as well as ENIGMA summary-statistics for ASD, SZ, ADHD, Obsessive-Compulsive-Disorder, Bipolar-Disorder, and Major-Depression. Results: Nine of the 11 CNVs affected volume of at least one subcortical structure. The hippocampus and amygdala were affected by five CNVs. Effect sizes of CNVs on subcortical volume, thickness and local surface area were correlated with their previously reported effect sizes on cognition and risk for ASD and SZ. Shape analyses were able to identify subregional alterations that were averaged out in volume analyses. We identified a common latent dimension - characterized by opposing effects on basal ganglia and limbic structures - across CNVs and across NPDs. Conclusion: Our findings demonstrate that subcortical alterations associated with CNVs show varying levels of similarities with those associated with neuropsychiatric conditions. We also observed distinct effects with some CNVs clustering with adult conditions while others clustered with ASD. This large cross-CNV and NPDs analysis provide insight into the long-standing questions of why CNVs at different genomic loci increase the risk for the same NPD, as well as why a single CNV increases the risk for a diverse set of NPDs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».