MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4321610279 · doi:10.1021/acsnano.2c12503

Structural Elucidation of a Polypeptoid Chain in a Crystalline Lattice Reveals Key Morphology-Directing Role of the N-Terminus

2023· article· en· W4321610279 sur OpenAlexfundno aff
Tianyi Yu, Xubo Luo, David Prendergast, Glenn L. Butterfoss, Behzad Rad, Nitash P. Balsara, Ronald N. Zuckermann, Xi Jiang

Notice bibliographique

RevueACS Nano · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChemical Synthesis and Analysis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesLawrence Berkeley National LaboratoryOffice of ScienceBasic Energy SciencesNew York University Abu DhabiYork UniversityU.S. Department of Energy
Mots-clésPeptoidPolymerMoleculeMaterials scienceNanomaterialsNanotechnologyChemical physicsSolvophobicNon-covalent interactionsCovalent bondStructural motifCrystallographyChemistryHydrogen bondPeptideOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide The ability to engineer synthetic polymers with the same structural precision as biomacromolecules is crucial to enable the de novo design of robust nanomaterials with biomimetic function. Peptoids, poly( N -substituted) glycines, are a highly controllable bio-inspired polymer family that can assemble into a variety of functional, crystalline nanostructures over a wide range of sequences. Extensive investigation on the molecular packing in these lattices has been reported; however, many key atomic-level details of the molecular structure remain underexplored. Here, we use cryo-TEM 3D reconstruction to directly visualize the conformation of an individual polymer chain within a peptoid nanofiber lattice in real space at 3.6 Å resolution. The backbone in the N -decylglycine hydrophobic core is shown to clearly adopt an extended, all- cis -sigma strand conformation, as previously suggested in many peptoid lattice models. We also show that packing interactions (covalent and noncovalent) at the solvent-exposed N-termini have a dominant impact on the local chain ordering and hence the ability of the chains to pack into well-ordered lattices. Peptoids in pure water form fibers with limited growth in the a direction (<14 molecules in width), whereas in the presence of formamide, they grow to over microns in length in the a direction. This dependence points to the significant role of the chain terminus in determining the long-range order in the packing of peptoid lattices and provides an opportunity to modulate lattice stability and nanoscale morphology by the addition of exogenous small molecules. These findings help resolve a major challenge in the de novo structure-based design of sequence-defined biomimetic nanostructures based on crystalline domains and should accelerate the design of functional nanostructures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,211

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueACS NanoMême sujetChemical Synthesis and AnalysisTravaux en français237 207