LC-MS/MS-Based Proteomics Approach for the Identification of Candidate Serum Biomarkers in Patients with Narcolepsy Type 1
Notice bibliographique
Résumé
Narcolepsy type 1 (NT1) is the most common type of narcolepsy known to be caused by the loss of specific neurons responsible for producing peptide neurotransmitters (orexins/hypocretins), resulting in a sleep-wake cycle disorder. It is characterized by its association with cataplexy and abnormalities in rapid eye movement. To date, no cure has been established for this life-threatening condition. Misdiagnosis of NT1 is also quite common, although it is not exceedingly rare. Therefore, successfully identifying candidate serum biomarkers for NT1 would be a head start for accurate diagnosis and development of therapeutics for this disorder. This study aims to identify such potential serum biomarkers. A depletion protocol was employed for 27 human serum samples (16 NT1 and 11 healthy controls), followed by applying LC-MS/MS bottom-up proteomics analysis, then LC-PRM-MS for validation. The comparison of the proteome profiles of the low-abundant proteins in the samples was then investigated based on age, sex, sample groups, and the presence of the Human Leukocyte Antigen (HLA) DQB1*0602 allele. The results were tracked to gene expression studies as well as system biology to identify key proteins and understand their relationship in the pathogenesis of NT1. Our results revealed 36 proteins significantly and differentially expressed. Among the impaired pathways and bioprocesses, the complement activation pathway is impaired by six of the differentially expressed proteins (DEPs). They are coded by the genes C2, CFB, C5, C1R, C1S, and MASP1, while 11 DEPs are involved in Acute Phase Response Signaling (APRS), which are coded by the genes FN1, AMBP, APOH, CFB, CP, ITIH2, C5, C2, F2, C1, and ITIH4. The combined AUCs of the downregulated and upregulated DEPs are 0.95 and 0.76, respectively. Overall, this study reveals potential serum-protein biomarkers of NT1 and explains the possible correlation between the biomarkers and pathophysiological effects, as well as important biochemical pathways involved in NT1.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».