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Enregistrement W4322487215 · doi:10.1101/2023.02.27.530291

Validation of Fourier transform infrared microspectroscopy for the evaluation of enzymatic cross-linking of bone collagen

2023· preprint· en· W4322487215 sur OpenAlexfundno aff
A. Mieczkowska, Guillaume Mabilleau

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueCollagen: Extraction and Characterization
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of ManchesterUniversite AngersCanadian Institute for Theoretical Astrophysics
Mots-clésPyridinolineDeoxypyridinolineFourier transform infrared spectroscopyChemistryEnzymeAnalytical Chemistry (journal)Alkaline phosphataseBiochemistryChromatographyOpticsOsteocalcin

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Enzymatic cross-linking of the bone collagen is important to resist to crack growth and to increased flexural strength. In the present study, we proposed a new method for assessment of enzymatic cross-link based on FTIR microspectroscopy that takes into account secondary structure of type I collagen. Briefly, femurs were collected from sham or ovariectomized mice and subjected either to LC-MS or embedded in polymethylmethacrylate, cut and analyzed by FTIR microspectroscopy. FTIR acquisition were recorded before and after UV exposure or acid treatment. In addition, femurs from a second animal study were used to compare gene expression of Plod2 and Lox enzymes and enzymatic cross-links determined by FTIR microspectroscopy. We evidenced here that intensities and areas of subbands located at ∼1660 cm -1 , ∼1680 cm -1 and ∼1690 cm -1 were positively and significantly associated with the concentration of pyridinoline (PYD), deoxypyridinoline (DPD) or immature dihydroxylysinonorleucine (DHLNL) / hydroxylysinonorleucine (HLNL) cross-links. Seventy-two hours exposure to UV light significantly reduced by ∼86% and ∼89% the intensity and area of the ∼1660 cm -1 subband. Similarly, 24 hours of acid treatment significantly reduced by 78% and 76% the intensity and area of the ∼1690 cm -1 subband. Plod2 and Lox expression were also positively associated to the signal of the ∼1660 cm -1 and ∼1690 cm -1 subbands. In conclusion, our study provided a new method for decomposing the amide I envelope of bone section that positively correlates with PYD and immature collagen cross-links. This method allows for investigation of tissue distribution of enzymatic cross-links in bone section.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,041
Tête enseignante GPT0,299
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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