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Enregistrement W4322719293 · doi:10.1093/plcell/koad056

Functional importance and divergence of plant apurinic/apyrimidinic endonucleases in somatic and meiotic DNA repair

2023· article· en· W4322719293 sur OpenAlexfundno aff
Jinchao Li, Cong Wang, Wenjie Liang, Jun Zhang, Chen‐Kun Jiang, Yi Liu, Zhitong Ren, Dong Ci, Jinjie Chang, Shangling Han, Xing Wang Deng, Yingxiang Wang, Weiqiang Qian

Notice bibliographique

RevueThe Plant Cell · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of Genetics and Developmental Biology, Chinese Academy of SciencesNational Postdoctoral Program for Innovative TalentsState Key Laboratory of Genetic EngineeringChina Postdoctoral Science FoundationChinese Academy of SciencesChina Agricultural UniversityFudan UniversityInstitute of GeneticsNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésBiologyAP siteDNADNA repairGeneticsDNA damageGenomeCell biologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Apurinic/apyrimidinic (AP) sites are one of the most abundant DNA lesions and are mainly repaired by AP endonucleases (APEs). While most eukaryotic genomes encode two APEs, plants usually possess three APEs, namely APE1L, APE2, and ARP. To date, the biological relevance and functional divergence of plant APEs are unclear. Here, we show that the three plant APEs have ancient origins, with the APE1L clade being plant-specific. In Arabidopsis thaliana, simultaneously mutating APE1L and APE2, but not ARP alone or in combination with either APE1L or APE2, results in clear developmental defects linked to genotoxic stress. Genetic analyses indicated that the three plant APEs have different substrate preferences in vivo. ARP is mainly responsible for AP site repair, while APE1L and APE2 prefer to repair 3'-blocked single-stranded DNA breaks. We further determined that APEs play an important role in DNA repair and the maintenance of genomic integrity in meiotic cells. The ape1l ape2 double mutant exhibited a greatly enhanced frequency of sporulation 1 (SPO11-1)-dependent and SPO11-1-independent double-stranded DNA breaks. The DNA damage response (DDR) was activated in ape1l ape2 to trigger pollen abortion. Our findings suggest functional divergence of plant APEs and reveal important roles of plant APEs during vegetative and reproductive development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,113
Score d'incertitude au seuil0,297

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,202
Écart entre enseignants0,185 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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