Cobalamin producers and prokaryotic consumers in the Northwest Atlantic
Notice bibliographique
Résumé
Cobalamin availability can influence primary productivity and ecological interactions in marine microbial communities. The characterization of cobalamin sources and sinks is a first step in investigating cobalamin dynamics and its impact on productivity. Here, we identify potential cobalamin sources and sinks on the Scotian Shelf and Slope in the Northwest Atlantic Ocean. Functional and taxonomic annotation of bulk metagenomic reads, combined with analysis of genome bins, were used to identify potential cobalamin sources and sinks. Cobalamin synthesis potential was mainly attributed to Rhodobacteraceae, Thaumarchaeota, and cyanobacteria (Synechococcus and Prochlorococcus). Cobalamin remodelling potential was mainly attributed to Alteromonadales, Pseudomonadales, Rhizobiales, Oceanospirilalles, Rhodobacteraceae, and Verrucomicrobia, while potential cobalamin consumers include Flavobacteriaceae, Actinobacteria, Porticoccaceae, Methylophiliaceae, and Thermoplasmatota. These complementary approaches identified taxa with the potential to be involved in cobalamin cycling on the Scotian Shelf and revealed genomic information required for further characterization. The Cob operon of Rhodobacterales bacterium HTCC2255, a strain with known importance in cobalamin cycling, was similar to a major cobalamin producer bin, suggesting that a related strain may represent a critical cobalamin source in this region. These results enable future inquiries that will enhance our understanding of how cobalamin shapes microbial interdependencies and productivity in this region.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».