Affordable panel of techniques for prediction of molecular classification of a series of medulloblastomas in a reference pediatric hospital in Colombia
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Molecular classification of medulloblastomas helps in improving risk-stratification. However, application in routine practice remains a challenge in low and middle-income countries. In Colombia, children often have delayed and uncomplete diagnosis. We underwent a retrospective analysis of 49 cases of medulloblastoma treated between 2009 and 2017 in a reference pediatric hospital in Bogotá, Colombia. This manuscript reports the use of a immunohistochemical plus PCR panel to distinguish SHH, WNT, and non-SHH/WNT tumors and details their clinical and pathological features. We analyzed Beta-catenin, p75NTR, PIGU, OTX2, YAP1 and P53 by immunohistochemistry and performed PCR for C-myc and N-myc amplification. We found a high percentage of SHH tumors and a high prevalence of desmoplastic-nodular tumors in our series. The male: female ratio was different from reported in other latitudes. We believed it would be important to complement these results by new generation sequencing and the gold standard in the medulloblastoma diagnosis, the methylation analysis. However, the panel we propose is useful to predict the molecular group. This is the first medulloblastoma case series in Colombia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».