From defaults to databases: parameter and database choice dramatically impact the performance of metagenomic taxonomic classification tools
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
In metagenomic analyses of microbiomes, one of the first steps is usually the taxonomic classification of reads by comparison to a database of previously taxonomically classified genomes. While different studies comparing metagenomic taxonomic classification methods have determined that different tools are ‘best’, there are two tools that have been used the most to-date: Kraken ( k -mer-based classification against a user-constructed database) and MetaPhlAn (classification by alignment to clade-specific marker genes), the latest versions of which are Kraken2 and MetaPhlAn 3, respectively. We found large discrepancies in both the proportion of reads that were classified as well as the number of species that were identified when we used both Kraken2 and MetaPhlAn 3 to classify reads within metagenomes from human-associated or environmental datasets. We then investigated which of these tools would give classifications closest to the real composition of metagenomic samples using a range of simulated and mock samples and examined the combined impact of tool–parameter–database choice on the taxonomic classifications given. This revealed that there may not be a one-size-fits-all ‘best’ choice. While Kraken2 can achieve better overall performance, with higher precision, recall and F1 scores, as well as alpha- and beta-diversity measures closer to the known composition than MetaPhlAn 3, the computational resources required for this may be prohibitive for many researchers, and the default database and parameters should not be used. We therefore conclude that the best tool–parameter–database choice for a particular application depends on the scientific question of interest, which performance metric is most important for this question and the limit of available computational resources.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle