A Bayesian approach to estimating COVID-19 incidence and infection fatality rates
Notice bibliographique
Résumé
Naive estimates of incidence and infection fatality rates (IFR) of coronavirus disease 2019 suffer from a variety of biases, many of which relate to preferential testing. This has motivated epidemiologists from around the globe to conduct serosurveys that measure the immunity of individuals by testing for the presence of SARS-CoV-2 antibodies in the blood. These quantitative measures (titer values) are then used as a proxy for previous or current infection. However, statistical methods that use this data to its full potential have yet to be developed. Previous researchers have discretized these continuous values, discarding potentially useful information. In this article, we demonstrate how multivariate mixture models can be used in combination with post-stratification to estimate cumulative incidence and IFR in an approximate Bayesian framework without discretization. In doing so, we account for uncertainty from both the estimated number of infections and incomplete deaths data to provide estimates of IFR. This method is demonstrated using data from the Action to Beat Coronavirus erosurvey in Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,041 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».