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Enregistrement W4323350996 · doi:10.1093/jcag/gwac036.164

A164 IDENTIFYING THE MOST IMPORTANT PREDICTORS TO CORRELATE SERUM METABOLITES WITH MRE CHANGES IN PATIENTS WITH PEDIATRIC CROHN DISEASE

2023· article· en· W4323350996 sur OpenAlexaffabout
R G Suarez, N Guruprasad, Ganesh Tata, Zhengxiao Zhang, Gili Focht, Víctor Manuel Navas‐López, S. Koletzko, A M Griffiths, David S. Wishart, E Wine

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDiseaseMetabolomicsMedicineCrohn's diseaseInflammatory bowel diseasePathogenesisInternal medicineGold standard (test)Observational studyGastroenterologyBioinformaticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Endoscopy has been the gold standard for assessing activity in Pediatric Crohn disease (pCD); however, it is limited by its invasiveness and partial assessment of small intestine and transmural inflammation. To that end, the Pediatric Inflammatory Crohn's MRE Index (PICMI) is a valid, reliable, non-invasive, and responsive index that includes transmural inflammation when assessing disease activity. The pathogenesis of pCD remains poorly understood, but evidence suggests that endogenous metabolites produced in the intestinal tract might mediate pathogenesis. Despite the important applicability of metabolomics in increasing the understanding of pCD, there has been limited research on this topic. Purpose Serum metabolomic profiles are linked to disease activity in pediatric Crohn disease. Method ImageKids is a multicenter, prospective, observational cohort study, designed to develop PICMI for pCD. The study was conducted over 18 months with paired serum specimens collected at study initiation and completion for 56 pCD patients. Due to the long time between the visits and the fact that during the study variables that highly affect serum metabolites were not controlled, we considered each patient visit as an individual measure point. Metabolites were identified using a quantitative metabolomics approach through The Metabolomics Innovation Centre (TMIC; University of Alberta). Disease activity was determined by the cutoff values in the total PICMI score of each patient. The most relevant serum metabolites were identified by medium-level and high-level variable selection analysis. Pearson correlation and hypothesis testing were used to select important metabolites. Decision trees, regularization techniques, and support vector machines were used to assess explicit importance of metabolites in disease activity. Result(s) This work provides a strategy to reduce a dimensional dataset from a metabolomic experiment. By medium-level selection analysis we were able to identify 117 statistical important metabolites for disease activity. The high-level selection analysis allowed to indicate the importance of the top 10 metabolites trough disease activity (defined by PICMI index). Results, also show that the evaluation of importance of metabolites through multivariate statistical models is dependent of the intrinsic variable selection model. Figure 1 reveals that Tryptophan ranked highest in the feature importance scoring. Histidine, Methylhistidine, Citric acid, Isoleucine, and Decanoylcarnitine also correlated well with disease severity. Image Conclusion(s) This work uses a unique approach of multivariate statistical analyses, to identify metabolites associated with pCD disease activity. Tryptophan has been previously identified as significantly altered in the blood of IBD patients compared to controls. Histidine is known to be involved in the mediation of oxidative stress, potentially influencing intestinal inflammation. These metabolites could serve as biomarkers and help define pCD pathogenesis. Disclosure of Interest None Declared

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,190
Écart entre enseignants0,186 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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