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Enregistrement W4323363220 · doi:10.1101/2023.03.02.530668

Persistent DNA methylation changes associated with prenatal NO <sub>2</sub> exposure in a Canadian prospective birth study

2023· preprint· en· W4323363220 sur OpenAlexafffundabout
Samantha Lee, Hind Sbihi, Julia L. MacIsaac, Padmaja Subbarao, Piush J. Mandhane, Theo J. Moraes, Stuart E. Turvey, Qing Duan, Amirthagowri Ambalavanan, Michael Bräuer, Jeffrey R. Brook, Michael S. Kobor, Meaghan J. Jones

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueAir Quality and Health Impacts
Établissements canadiensQueen's UniversityUniversity of AlbertaUniversity of TorontoBC Children's HospitalBC Centre for Disease ControlUniversity of British ColumbiaUniversity of ManitobaChildren's Hospital Research Institute of Manitoba
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésdNaMDNA methylationAtopyWheezeCord bloodMedicinePhysiologyAsthmaImmunologyBiologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Accumulating evidence suggests prenatal air pollution exposure alters DNA methylation (DNAm), which could go on to affect long-term health. However, it remains unclear whether prenatal DNAm alterations persist through early life. Identifying DNAm changes that persist from birth into childhood would provide greater insight into the molecular mechanisms that most likely contribute to the association of prenatal air pollution exposure with health outcomes such as atopic disease. Objectives This study investigated the persistence of DNAm changes associated with prenatal NO 2 exposure (a surrogate measure of traffic-related air pollution) at age one to begin characterizing which DNAm changes most likely to contribute to atopic disease. Methods We used an atopy-enriched subset of CHILD study participants (N=145) to identify individual and regional cord blood DNAm differences associated with prenatal NO 2 , followed by an investigation of persistence in age one peripheral blood. As we had repeated DNAm measures, we also isolated postnatal-specific DNAm changes and examined their association with NO 2 exposure in the first year of life. MANOVA tests were used to examine the association between DNAm changes associated with NO 2 and child wheeze and atopy. Results We identified 24 regions of altered cord blood DNAm, with several annotated to HOX genes. Two regions annotated to MPDU1 and C5orf63 were significantly associated with age one wheeze. Further, we found the effect of prenatal NO 2 exposure across CpGs within all altered regions remained similar at age one. A single region of postnatal-specific DNAm annotated to HOXB6 was associated with year one NO 2 and age one atopy. Discussion Regional cord blood DNAm changes associated with prenatal NO 2 exposure persist through at least the first year of life, and some of these changes are associated with age one wheeze. The early-postnatal period remains a sensitive window to DNAm perturbations that may also influence child health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,035
Score d'incertitude au seuil0,070

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0020,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,210 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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