Multiplexed Amplicon Sequencing Reveals High Sequence Diversity of Antibiotic Resistance Genes in Québec Sewers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The United Nations Environment Assembly (UNEA-3) have recognised the importance of the environment in the development, spread and transmission of antimicrobial resistance (AMR) to humans and animals. Such recognition calls for wider surveillance of antimicrobial resistance genes (ARG) in wastewater and other environmental reservoirs. For ARG surveillance to be valuable to regulators, it must enable source tracking and risk assessment. Adequate surveillance also requires the processing of a large number of samples at a relatively low cost, and a low detection limit to allow quantification of the riskiest ARGs. However, current methods for tracking ARGs have various limitations. The current study presents a multiplexed targeted amplicon sequencing approach for the detection of sequence variants of ARGs in environmental samples. To demonstrate the application of this technique, wastewater samples collected from the inlet to 16 treatment plants located along a 440-km transect of the St-Lawrence river in the province of Quebec (Canada) were analysed. Among the ARGs examined, between 3 and 45 nucleic acid sequence variants were detected demonstrating the high sequence diversity that occurs within genes originating from a single sample type and the information that is missed using traditional techniques. Using the PLSDB and Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD), the risk of ARG sequence variants was inferred based upon their reported mobility and detection in pathogens. Results suggest that sequence variants within a single ARG class present different risks to public health. In the future, targeted amplicon sequencing could be a valuable tool in environmental studies for both risk assessment purposes and in AMR source tracking.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».