Éclosion communautaire de COVID-19 du variant B.1.1.7 (Alpha) préoccupant à Terre-Neuve, février à mars 2021
Notice bibliographique
Résumé
Contexte : De mars 2020 à janvier 2021, Terre-Neuve-et-Labrador a enregistré 408 cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) (incidence 78 sur 100 000 personnes).En février et mars 2021, une éclosion communautaire du variant B.1.1.7 (Alpha) s'est produite dans la région de l'Eastern Regional Health Authority.Cet article décrit l'épidémiologie de ce variant préoccupant de l'éclosion, identifie les milieux qui ont probablement contribué à sa propagation et fournit des recommandations pour les mesures de santé publique (MSP).Méthodes : Les données de surveillance provinciales ont été associées aux données des entrevues avec les cas et à une liste de classes d'école.Des méthodes épidémiologiques descriptives ont été utilisées pour caractériser l'éclosion.Les taux d'attaque secondaire (TAS) ont été calculés pour les ménages et les salles de classe.Résultats : Cette éclosion a impliqué 577 cas confirmés en laboratoire et 38 cas probables.Le séquençage du génome entier a déterminé que les cas étaient liés au variant B.1.1.7.L'âge médian était de 31 ans et la plus grande proportion de cas se situait dans la tranche d'âge de 15 à 19 ans (29 %).293 (51 %) étaient des femmes et 140 (24 %) étaient asymptomatiques au moment de l'identification.Les premiers cas étaient liés à une école secondaire, à des activités sportives, à un restaurant et à des rencontres sociales.À mesure de l'évolution de l'éclosion, des cas ont été associés à la transmission domestique, à une garderie, à des établissements de santé et à un lieu de travail.L'estimation non ajustée de la TAS parmi les cas confirmés en laboratoire était de 24,4 % pour les ménages et de 19,3 % pour les expositions en classe.Après ajustement pour d'autres expositions potentielles, les estimations de la TAS étaient de 19,9 % pour les ménages et de 11,3 % pour les salles de classe.Conclusion : Cette éclosion a démontré comment le variant B.1.1.7 s'est propagé rapidement dans une communauté où la transmission de la COVID-19 était auparavant faible et où peu de MSP étaient en place.La mise en œuvre et le respect des MSP à l'école et dans la communauté sont essentiels pour prévenir la transmission pendant les éclosions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».