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Enregistrement W4323661505 · doi:10.1101/2023.03.08.531763

Comparing the stability and reproducibility of brain-behaviour relationships found using Canonical Correlation Analysis and Partial Least Squares within the ABCD Sample

2023· preprint· en· W4323661505 sur OpenAlexaff
Hajer Nakua, Ju‐Chi Yu, Hervé Abdi, Colin Hawco, Aristotle N. Voineskos, Sean Hill, Meng‐Chuan Lai, Anne L. Wheeler, Anthony R. McIntosh, Stephanie H. Ameis

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityHospital for Sick ChildrenUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesNational Institute of Mental HealthNational Institutes of Health
Mots-clésPartial least squares regressionCanonical correlationReproducibilitySample (material)Stability (learning theory)StatisticsCorrelationMathematicsChemistryComputer scienceChromatographyMachine learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Introduction Canonical Correlation Analysis (CCA) and Partial Least Squares Correlation (PLS) detect associations between two data matrices based on computing a linear combination between the two matrices (called latent variables; LVs). These LVs maximize correlation (CCA) and covariance (PLS). These different maximization criteria may render one approach more stable and reproducible than the other when working with brain and behavioural data at the population-level. This study compared the LVs which emerged from CCA and PLS analyses of brain-behaviour relationships from the Adolescent Brain Cognitive Development (ABCD) dataset and examined their stability and reproducibility. Methods Structural T1-weighted imaging and behavioural data were accessed from the baseline Adolescent Brain Cognitive Development dataset ( N > 9000, ages = 9-11 years). The brain matrix consisted of cortical thickness estimates in different cortical regions. The behavioural matrix consisted of 11 subscale scores from the parent-reported Child Behavioral Checklist (CBCL) or 7 cognitive performance measures from the NIH Toolbox. CCA and PLS models were separately applied to the brain-CBCL analysis and brain-cognition analysis. A permutation test was used to assess whether identified LVs were statistically significant. A series of resampling statistical methods were used to assess stability and reproducibility of the LVs. Results When examining the relationship between cortical thickness and CBCL scores, the first LV was found to be significant across both CCA and PLS models (singular value: CCA = .13, PLS = .39, p < .001). LV 1 from the CCA model found that covariation of CBCL scores was linked to covariation of cortical thickness. LV 1 from the PLS model identified decreased cortical thickness linked to lower CBCL scores. There was limited evidence of stability or reproducibility of LV 1 for both CCA and PLS. When examining the relationship between cortical thickness and cognitive performance, there were 6 significant LVs for both CCA and PLS ( p < .01). The first LV showed similar relationships between CCA and PLS and was found to be stable and reproducible (singular value: CCA = .21, PLS = .43, p < .001). Conclusion CCA and PLS identify different brain-behaviour relationships with limited stability and reproducibility when examining the relationship between cortical thickness and parent-reported behavioural measures. However, both methods identified relatively similar brain-behaviour relationships that were stable and reproducible when examining the relationship between cortical thickness and cognitive performance. The results of the current study suggest that stability and reproducibility of brain-behaviour relationships identified by CCA and PLS are influenced by characteristics of the analyzed sample and the included behavioural measurements when applied to a large pediatric dataset.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,040
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,143
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,960
Score d'incertitude au seuil0,210

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0400,143
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,138
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,151 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
DomaineMéthodes
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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