Genotoxic colibactin mutational signature in colorectal cancer is associated with clinicopathological features, specific genomic alterations and better survival
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background and Aims The microbiome has long been suspected of a role in colorectal cancer (CRC) tumorigenesis. The mutational signature SBS88 mechanistically links CRC development with the strain of Escherichia coli harboring the pks island that produces the genotoxin colibactin, but the genomic, pathological and survival characteristics associated with SBS88-positive tumors are unknown. Methods SBS88-positive CRCs were identified from targeted sequencing data from 5,292 CRCs from 17 studies and tested for their association with clinico-pathological features, oncogenic pathways, genomic characteristics and survival. Results In total, 7.5% (398/5,292) of the CRCs were SBS88-positive, of which 98.7% (392/398) were microsatellite stable/microsatellite instability low (MSS/MSI-L), compared with 80% (3916/4894) of SBS88 negative tumors (p=1.5×10 -28 ). Analysis of MSS/MSI-L CRCs demonstrated that SBS88 positive CRCs were associated with the distal colon (OR=1.84, 95% CI=1.40-2.42, p=1×10 -5 ) and rectum (OR=1.90, 95% CI=1.44-2.51, p=6×10 -6 ) tumor sites compared with the proximal colon. The top seven recurrent somatic mutations associated with SBS88-positive CRCs demonstrated mutational contexts associated with colibactin-induced DNA damage, the strongest of which was the APC :c.835-8A>G mutation (OR=65.5, 95%CI=39.0-110.0, p=3×10 -80 ). Large copy number alterations (CNAs) including CNA loss on 14q and gains on 13q, 16q and 20p were significantly enriched in SBS88- positive CRCs. SBS88-positive CRCs were associated with better CRC-specific survival (p=0.007; hazard ratio of 0.69, 95% CI=0.52-0.90) when stratified by age, sex, study, and by stage. Conclusion SBS88-positivity, a biomarker of colibactin-induced DNA damage, can identify a novel subtype of CRC characterized by recurrent somatic mutations, copy number alterations and better survival. These findings provide new insights for treatment and prevention strategies for this subtype of CRC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».