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Enregistrement W4324044597 · doi:10.1038/s41588-023-01305-1

Schizophrenia risk conferred by rare protein-truncating variants is conserved across diverse human populations

2023· article· en· W4324044597 sur OpenAlexafffund
Dongjing Liu, Dara Meyer, Brian Fennessy, Claudia Feng, Esther Cheng, Jessica Johnson, You Jeong Park, Marysia-Kolbe Rieder, Steven Ascolillo, Agathe de Pins, Amanda Dobbyn, Dannielle Lebovitch, Emily Moya, Tan-Hoang Nguyen, Lillian Wilkins, Arsalan Hassan, Henry S. Aghanwa, Moin Ahmad Ansari, Aftab Asif, Rubina Aslam, José Luis Ayuso, Tim B. Bigdeli, Stefano Bignotti, Julio Bobes, Bekh Bradley, P.F. Buckley, Murray J. Cairns, Stanley V. Catts, Abdul Rashid Chaudhry, David Cohen, Brett Collins, Angèle Consoli, Javier Costas, Benedicto Crespo‐Facorro, Nikolaos P. Daskalakis, Michael Davidson, Kenneth L. Davis, Faith Dickerson, Imtiaz Ahmad Dogar, Elodie Drapeau, Lourdes Fañanás, Ayman H. Fanous, Warda Fatima, Mar Fatjó‐Vilas, Cheryl Filippich, Joseph I. Friedman, John F. Fullard, Penelope Georgakopoulos, Marianna Giannitelli, Ina Giegling, Melissa J. Green, Olivier Guillin, Blanca Gutiérrez, Herlina Y. Handoko, Stella Kim Hansen, Maryam Haroon, Vahram Haroutunian, Frans Henskens, Fahad Hussain, Assen Jablensky, Jamil Junejo, Brian Kelly, Shams-ud-Din Ahmad Khan, Muhammad Nasar Sayeed Khan, Anisuzzaman Khan, Hamid R. Khawaja, Bakht Khizar, Steven P. Kleopoulos, James A. Knowles, Bettina Konte, Agung Kusumawardhani, Naeemullah Leghari, Xudong Liu, Adriana Lori, Carmel M. Loughland, Khalid Mahmood, Saqib Mahmood, Dolores Malaspina, Danish J. Malik, Amy J. M. McNaughton, Patricia T. Michie, Vasiliki Michopolous, Esther Molina, María Dolores Moltó, Asim Munir, Gerard Muntané, Farooq Naeem, Derek J. Nancarrow, Amina Nasar, Tanvir Nasr, Jude U. Ohaeri, Jürg Ott, Christos Pantelis, Sathish Periyasamy, Ana González‐Pinto, Abigail Powers, Belén Ramos, Nusrat Habib Rana, Mark Hyman Rapaport, Abraham Reichenberg, Safaa Saker-Delye, Ulrich Schall, Peter R. Schofield, Rodney J. Scott, Megan Shanahan, Cynthia Shannon Weickert, Calvin Sjaarda, Heather J. Smith, Jose Javier Suárez‐Rama, Muhammad Tariq, Florence Thibaut, Paul A. Tooney, Muhammad Umar, Elisabet Vilella, Mark Weiser, Jing Wu, Robert H. Yolken, Katherine E. Burdick, Joseph D. Buxbaum, Enrico Domenici, Sophia Frangou, Annette M. Hartmann, Claudine Laurent‐Levinson, Dheeraj Malhotra, Carlos N. Pato, Michele T. Pato, Kerry J. Ressler, Panos Roussos, Dan Rujescu, Celso Arango, Alessandro Bertolino, Giuseppe Blasi, Luisella Bocchio‐Chiavetto, Dominique Campion, Vaughan J. Carr, Janice M. Fullerton, Massimo Gennarelli, Javier González‐Peñas, Douglas F. Levinson, Bryan Mowry, Vishwajit L. Nimgaokar, Giulio Pergola, Antonio Rampino, Jorge A. Cervilla, Margarita Rivera, Sibylle G. Schwab, Dieter B. Wildenauer, Mark J. Daly, Benjamin M. Neale, Tarjinder Singh, Michael O‘Donovan, Michael J. Owen, James Walters, Muhammad Ayub, Anil K. Malhotra, Todd Lencz, Patrick F. Sullivan, Pamela Sklar, Eli A. Stahl, Laura M. Huckins, Alexander W. Charney

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensCentre for Addiction and Mental HealthUniversity of British ColumbiaQueen's University
Organismes subventionnairesNIH Clinical CenterNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Mental HealthNational Institute on AgingEuropean Regional Development FundInstituto de Salud Carlos IIINational Health and Medical Research CouncilSUNY Downstate Medical CenterGraduate School of Public Health, University of PittsburghNational Institutes of HealthState University of New YorkUniversity of PeshawarSorbonne UniversitéAustralian Schizophrenia Research BankMedical Research CouncilUniversità degli Studi di BresciaInstituto de Investigación Sanitaria Gregorio MarañónInnovative Medicines InitiativeEuropean CommissionUniversita degli Studi di Bari Aldo MoroQueen's UniversityInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleMinistero della SaluteUniversität WienQueensland Brain InstituteKarolinska InstitutetUniversity of QueenslandMonash UniversityUniversity of North Carolina at Chapel HillUniversity of WollongongCardiff UniversityNeuroscience Research AustraliaUniversità degli Studi di TrentoVirginia Commonwealth UniversityUniversity of New South WalesUniversity of PittsburghMinisterio de Ciencia e InnovaciónJohns Hopkins UniversityCentro de Investigación Biomédica en Red de Salud MentalFeinstein Institutes for Medical ResearchFundación Alicia KoplowitzF. Hoffmann-La RocheHelsingin YliopistoMicrosoft ResearchStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteU.S. Department of Veterans AffairsUniversity of PennsylvaniaBroad InstituteUniversidad de GranadaMedizinische Universität WienMcLean HospitalMassachusetts General HospitalUniversity College LondonBrigham and Women's HospitalNorthwell HealthU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésBiologyGeneticsGeneAlleleGenetic architecture1000 Genomes ProjectGenome-wide association studyHuman genomeAllele frequencySchizophrenia (object-oriented programming)GenomeEvolutionary biologyComputational biologySingle-nucleotide polymorphismPhenotypeGenotypeMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Schizophrenia (SCZ) is a chronic mental illness and among the most debilitating conditions encountered in medical practice. A recent landmark SCZ study of the protein-coding regions of the genome identified a causal role for ten genes and a concentration of rare variant signals in evolutionarily constrained genes 1 . This recent study—and most other large-scale human genetics studies—was mainly composed of individuals of European (EUR) ancestry, and the generalizability of the findings in non-EUR populations remains unclear. To address this gap, we designed a custom sequencing panel of 161 genes selected based on the current knowledge of SCZ genetics and sequenced a new cohort of 11,580 SCZ cases and 10,555 controls of diverse ancestries. Replicating earlier work, we found that cases carried a significantly higher burden of rare protein-truncating variants (PTVs) among evolutionarily constrained genes (odds ratio = 1.48; P = 5.4 × 10 −6 ). In meta-analyses with existing datasets totaling up to 35,828 cases and 107,877 controls, this excess burden was largely consistent across five ancestral populations. Two genes ( SRRM2 and AKAP11 ) were newly implicated as SCZ risk genes, and one gene ( PCLO ) was identified as shared by individuals with SCZ and those with autism. Overall, our results lend robust support to the rare allelic spectrum of the genetic architecture of SCZ being conserved across diverse human populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,412
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations73
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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