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Enregistrement W4324117130 · doi:10.1016/j.gimo.2023.100445

P409: Clinical utility of genomic sequencing for hereditary cancer syndromes: An observational chart review

2023· article· en· W4324117130 sur OpenAlex
Salma Shickh, Chloe Mighton, Marc Clausen, Rita Kodida, Jordan Sam, Daena Hirjikaka, Emma Reble, Tracy Graham, Seema Panchal, Andrea Eisen, Christine Elser, Kasmintan A. Schrader, Nancy N. Baxter, Andreas Laupacis, Jordan Lerner‐Ellis, Raymond H. Kim, Yvonne Bombard

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine Open · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensCentre for Global Health ResearchSinai Health SystemUniversity Health NetworkHealth Sciences CentreSunnybrook Health Science Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésObservational studyGenomic sequencingComputational biologyCancerMedicineBiologyGeneticsBioinformaticsInternal medicineGenomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

management approaches for hundreds of additional genetic disorders are available.Efforts such as the NIH-funded BabySeq Project explore the implications of genomic sequencing in healthy infants with the aim of designing strategies for implementation.Methods: We designed an online survey for rare disease experts (n = 389), investigating which additional treatable genetic conditions (currently not included on the RUSP) they recommend for screening in newborns using genomic sequencing.A list of 649 genes associated with treatable genetic conditions in 13 clinical areas was designed.Participants were invited to assess all proposed genes or to select the clinical area with which they were most familiar.We analyzed concordance among experts regarding screening specific genes in newborns.We also assessed responses to a series of descriptive questions about participant attitudes regarding universal genomic sequencing to screen newborns for treatable genetic disorders as well as the inclusion of disorders that are untreatable, lack confirmatory orthogonal tests, are of low penetrance, or are adult-onset.Results: A total of 238 (61.2%) experts, including directors of genetics and genomics programs accredited by the Accreditation Council for Graduate Medical Education (n = 64), physicians specializing in the care of rare disease patients (n = 165), and senior scientists within pharmaceutical companies specializing in rare disease therapeutics (n = 9) participated.Experts agreed with 85% concordance that 25 genes associated with disorders not currently included in universal NBS programs should be evaluated in presymptomatic infants (OTC, G6PC, SLC37A4, CYP11B1, ARSB, F8, F9, SLC2A1, CYP17A1, RB1, IDS, GUSB, DMD, GLUD1, CYP11A1, GALNS, CPS1, PLPBP, ALDH7A1, SLC26A3, SLC25A15, SMPD1, GATM, SLC7A7, NAGS).Orthogonal tests are available for confirmation of genetic disorders caused by 24 out of these 25 genes (96%).Clinical areas of interest included Metabolism, Neurology, Endocrinology and Hemato-Oncology.A total of 42 genes had 80% concordance and 432 genes had 50% concordance.Overall, 161 of 183 (87.9%) experts agreed or somewhat agreed that genomic sequencing should be used to expand the number of conditions included in NBS.Conclusion: While several of these genes are associated with clinical domains that are currently included in NBS, there are multiple candidates that represent new frontiers for NBS, such as hereditary cancer predisposition syndromes.This study highlights that experts endorse the expansion of NBS programs to include additional treatable monogenic disorders, including 25 high-priority conditions which could be efficiently screened using genomic sequencing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,500
Score d'incertitude au seuil0,458

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,357
Tête enseignante GPT0,488
Écart entre enseignants0,131 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle