P358: Clinical and basic investigations into congenital disorders of glycosylation: SLC35C1-CDG the Fucose Golgi Transporter
Notice bibliographique
Résumé
PCR-confirmed SARS-CoV-2 patients were enrolled in the GENCOV study.We defined inpatients as being admitted for management of severe COVID-19, and compared SNPs to those not requiring hospitalization.The enrichment of effect alleles in hospitalized vs non-hospitalized individuals was compared by Pearson's X 2 or Fisher's exact test, as appropriate.We used multiple logistic regression analysis [Odds Ratio (OR) with 95% confidence interval (CI)] to assess the confounding effects of age, sex, and ancestry, as well as the direction of the association.Bonferroni correction (Pc) was done to account for multiple testing for twenty-six SNPs with statistical significance set at P≤0.00192.Results: Genome sequencing was performed on 1,108 samples [median age: 50 years (IQR: 36-63), 523 (47.2%) are male, and 261 (23.6%) were hospitalized].Initially, we assessed the association of socio-demographic factors commonly associated with COVID-19 clinical outcome -hospitalization.The proportion of individuals who were hospitalized and aged ≥ 60 years, male, and non-White ancestry was 54.7%, 31.2%, and 34.2%, respectively.Thus, age ≥ 60 years (OR=12.04,95% CI: 8.70-16.66),male sex (OR=2.25,95% CI: 1.69-2.99),and non-White ancestry (OR=13.75,95% CI: 7.89-23.96)were all associated significantly with increased risk of hospitalization.Despite the small sample size, two out of the twenty-six SNPs analyzed showed significant association with hospitalization.After adjusting for age, sex, and ancestry LZTFL1 [rs11385942, OR=2.78 (1.94-3.98),Pc=3.51x10 -9 ], and TLR7 [rs3853839, OR=2.05 (1.24-3.41),Pc=3.20x10 -4 ] were both associated with an increased risk for hospitalization.Conclusion: Our study illustrates that genetic variation plays a significant role in the host response to SARS-CoV-2 infection, and influences COVID-19 clinical outcomes.The LMNA variant has been linked with neutropenia among COVID-19 patients, LZTFL1 promotes airway ciliogenesis, and TLR7 is implicated in the interferon pathway.Fine-mapping to identify the causal variation in linkage-disequilibrium to the associated SNPs may help to further unravel the mechanistic factors associated with COVID-19 clinical outcomes and lead to therapeutic interventions.To achieve significant statistical power, GENCOV data was contributed to the Canadian HostSeq and to the HGI for further study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».