MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4324117346 · doi:10.1016/j.gimo.2023.100499

P452: Specifying the ACMG/AMP variant sequence interpretation guidelines for congenital myopathies*

2023· article· en· W4324117346 sur OpenAlexaff
Marina T. DiStefano, Ryan Webb, Hannah McCurry, Shannon McNulty Gray, Swati Tomar, Prasad Kopparapu, Eleanor C Broeren, Kezang Tshering, Alan H. Beggs, Enrico Bertini, Adele D’Amico, Sandra Donkervoort, James J. Dowling, Fabiana Fattori, Ana Ferreiro, Casie A. Genetti, Hernán Gonorazky, Svetlana Gorokhova, Amanda Lindy, Līvija Medne, Sander Pajusalu, Katarina Pelin, John Rendu, Matteo Vatta, Tom Winder, Hui Yang, Grace Yoon, Ozge Ceyhan‐Birsoy, Carsten G. Bönnemann

Notice bibliographique

RevueGenetics in Medicine Open · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMuscle Physiology and Disorders
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInterpretation (philosophy)Sequence (biology)Computational biologyComputer scienceMedicineBioinformaticsGeneticsBiologyProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Congenital myopathies are a group of neuromuscular disorders that typically present at birth with hypotonia and muscle weakness, with an estimated prevalence of ∼1-5/100,000 live births. To date, over 30 genes have been associated with various forms of congenital myopathy and 29 of them have been defined as having “Definitive” evidence for causality by The Clinical Genome Resource (ClinGen), Congenital Myopathies Gene Curation Expert Panel (CM GCEP). Many of these genes have up to several hundred variants reported in patients with varying amounts of data in the literature supporting their association with disease, which poses a challenge in the clinical setting.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,761
Score d'incertitude au seuil0,375

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,194
Tête enseignante GPT0,440
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenetics in Medicine OpenMême sujetMuscle Physiology and DisordersTravaux en français237 207