Distinct gene expression patterns identify patients who relapse after neoadjuvant pembrolizumab and radical cystectomy in the PURE-01 study.
Notice bibliographique
Résumé
549 Background: The PURE-01 clinical trial reported the use of neoadjuvant treatment with pembrolizumab prior to radical cystectomy (RC) in patients with muscle-invasive bladder cancer (MIBC; cT2–3N0M0; PMID 30343614). We have previously reported that specific molecular subtypes (i.e. basal or claudin-low) and immune signatures are associated with more favorable survival. However, reports on the detailed tumor biology of patients (pts) who relapsed after neoadjuvant pembrolizumab are lacking. Herein, we provide a detailed characterization of relapsing pts and identify distinct gene expression patterns with potential utility as novel biomarkers. Methods: Microarray data from transurethral resection of the bladder tumor (TURBT; N=102) and matched RC (N=25) tissue from the PURE-01 trial were analyzed. Gene expression signatures and molecular subtypes were assigned as previously described (PMID 32165065). The Kaplan-Meier method was used to estimate differences in patient outcomes. Immune-signatures were split by median for survival analysis. All significance testing used a two-sided t-test at a threshold of 0.05. Results: Differential gene expression analysis identified KRT20 and H19 to be enriched in relapsing patients (both p<0.001). Expression below the median was predictive of favourable 3-year overall (OS) and recurrence-free (RFS) survival (OS, 37.3% vs. 21.6%, p=0.118; RFS, 35.3% vs. 21.6%, p<0.01 and OS, 41.2% vs. 17.6%, p=0.03; RFS, 39.2% vs. 17.6%, p=0.012, respectively). Distribution of molecular subtypes showed tumors with neuronal character (NE-like) were enriched in pts who relapsed. Low immune-signatures, including Interferon-gamma and -alpha, were predictive of relapse (3-year RFS, 31.4% vs. 25.5%, p<0.001 and 31.4% vs. 25.5%, p<0.01, respectively), whereas Immunophenoscore for CD4 was not. None of these markers were predictive for relapse in matched RC-samples. Conclusions: Relapsing patients demonstrated distinct biological patterns in pre-therapy tumor samples that show prognostic value, potentially making an earlier identification and therefore adapted treatment possible. Low expression of immune-related signatures was associated with relapse.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».