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Enregistrement W4327566649 · doi:10.1038/s41419-023-05720-4

GEMC1 and MCIDAS interactions with SWI/SNF complexes regulate the multiciliated cell-specific transcriptional program

2023· article· en· W4327566649 sur OpenAlexaff
Michael R. Lewis, Berta Terré, Philip A. Knobel, Tao Cheng, Hao Lu, Camille Stephan‐Otto Attolini, J. Smak, Étienne Coyaud, Isabel Garcı́a-Cao, Chithran Vineethakumari, Jessica Querol, Gabriel Gil‐Gómez, Gabriele Piergiovanni, Vincenzo Costanzo, Sandra Peiró, Brian Raught, Haotian Zhao, Xavier Salvatella, Sudipto Roy, Moe R. Mahjoub, Travis H. Stracker

Notice bibliographique

RevueCell Death and Disease · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueChromatin Remodeling and Cancer
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of TorontoCanada Research ChairsUniversity Health Network
Organismes subventionnairesNational Medical Research CouncilNational Institute of General Medical SciencesMedical Research CouncilAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroMinisterio de Ciencia, Innovación y UniversidadesNational Heart, Lung, and Blood InstituteInstitute for Research in BiomedicineSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésMotile ciliumBiologyTranscription factorCell biologyCiliogenesisSWI/SNFCiliumTranscriptional regulationTranscription (linguistics)Regulation of gene expressionARID1ACell fate determinationCellular differentiationGeneGeneticsMutationChromatin remodeling

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Multiciliated cells (MCCs) project dozens to hundreds of motile cilia from their apical surface to promote the movement of fluids or gametes in the mammalian brain, airway or reproductive organs. Differentiation of MCCs requires the sequential action of the Geminin family transcriptional activators, GEMC1 and MCIDAS, that both interact with E2F4/5-DP1. How these factors activate transcription and the extent to which they play redundant functions remains poorly understood. Here, we demonstrate that the transcriptional targets and proximal proteomes of GEMC1 and MCIDAS are highly similar. However, we identified distinct interactions with SWI/SNF subcomplexes; GEMC1 interacts primarily with the ARID1A containing BAF complex while MCIDAS interacts primarily with BRD9 containing ncBAF complexes. Treatment with a BRD9 inhibitor impaired MCIDAS-mediated activation of several target genes and compromised the MCC differentiation program in multiple cell based models. Our data suggest that the differential engagement of distinct SWI/SNF subcomplexes by GEMC1 and MCIDAS is required for MCC-specific transcriptional regulation and mediated by their distinct C-terminal domains.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,861
Score d'incertitude au seuil0,305

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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