Comparing the performance of demineralization agents (HCl and EDTA) for stable isotope analysis of bone collagen with implications for quality control criteria and collagen yield
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Stable isotope analysis of ancient bone collagen is a powerful technique for studying diet, migration, and ecology in archeological contexts. These analyses are, however, limited by collagen preservation and prohibitively low collagen yields. Harsh chemical demineralization is required to isolate the collagen from the mineral component of the bone, which in turn reduces the yield of material available for analysis. Demineralization is typically performed using hydrochloric acid (HCl), which reduces collagen yield via acid hydrolysis of peptide bonds. An alternative to a strong acid (HCl) treatment is the neutral chelating agent ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA). To our knowledge, it has never been empirically tested whether EDTA treatment reduces collagen loss relative to HCl in samples that are known to be poorly preserved (i.e., low yields and/or collagen extracts failing other collagen quality control [QC] criteria). We tested the effect of the demineralization agent on collagen yield, stable isotope, and elemental composition of poorly preserved ancient bone samples. Collagen yield was significantly higher in EDTA‐treated samples; however, this did not translate into a greater number of samples passing relevant quality control criteria. Stable isotope compositions (SIC) were also not significantly different between treatments. The atomic C:N ratio of samples treated with EDTA was significantly lower than equivalent samples treated with HCl, which is likely a product of increased deamidation of asparagine and glutamine residues when collagen is demineralized with HCl relative to EDTA. We conclude that although EDTA treatment may reduce collagen loss relative to HCl treatment, this does not necessarily increase the probability of producing reliable–stable isotope data from bone samples yielding low amounts of collagen. Based on our isotopic data, we suggest the following provisional collagen QC criteria for EDTA‐demineralized samples: collagen yield > 2%, wt% C > 4%, wt% N > 2%, and atomic C:N ratio between 2.80 and 3.25.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».