Meta-analysis of erosive hand osteoarthritis identifies four common variants that associate with relatively large effect
Notice bibliographique
Résumé
Objectives Erosive hand osteoarthritis (EHOA) is a severe subset of hand osteoarthritis (OA). It is unclear if EHOA is genetically different from other forms of OA. Sequence variants at ten loci have been associated with hand OA but none with EHOA. Methods We performed meta-analysis of EHOA in 1484 cases and 550 680 controls, from 5 populations. To identify causal genes, we performed eQTL and plasma pQTL analyses, and developed one zebrafish mutant. We analysed associations of variants with other traits and estimated shared genetics between EHOA and other traits. Results Four common sequence variants associated with EHOA, all with relatively high effect. Rs17013495 (SPP1/MEPE, OR=1.40, p=8.4×10−14) and rs11243284 (6p24.3, OR=1.35, p=4.2×10−11) have not been associated with OA, whereas rs11631127 (ALDH1A2, OR=1.46, p=7.1×10−18), and rs1800801 (MGP, OR=1.37, p=3.6×10−13) have previously been associated with hand OA. The association of rs1800801 (MGP) was consistent with a recessive mode of inheritance in contrast to its additive association with hand OA (OR homozygotes vs non-carriers=2.01, 95% CI 1.71 to 2.37). All four variants associated nominally with finger OA, although with substantially lower effect. We found shared genetic components between EHOA and other OA measures, grip strength, urate levels and gout, but not rheumatoid arthritis. We identified ALDH1A2, MGP and BMP6 as causal genes for EHOA, with loss-of-function Bmp6 zebrafish mutants displaying EHOA-like phenotypes. Conclusions We report on significant genetic associations with EHOA. The results support the view of EHOA as a form of severe hand OA and partly separate it from OA in larger joints.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,021 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».