Peer Review #1 of "Characterization of viral pathogens associated with symptomatic upper respiratory tract infection in adults during a low COVID-19 transmission period (v0.2)"
Notice bibliographique
Résumé
Background: The epidemiology of respiratory tract infections (RTI) has dramatically changed over the course of the COVID-19 pandemic.A major effort in the clinical management of RTI has been directed toward diagnosing COVID-19, while the causes of other, common community RTI often remain enigmatic.To shed light on the etiological causes of RTI during a low COVID-19 transmission period in 2021, we did a pilot study using molecular testing for virologic causes of upper RTI among adults with respiratory symptoms from Almaty, Kazakhstan.Methods: Adults presenting at two public hospitals with respiratory symptoms were screened using SARS-CoV-2 PCR on nasopharyngeal swabs.A subset of RTI+, COVID-19-negative adults (n=50) was then tested for the presence of common RTI viruses and influenza A virus (IAV).Next generation virome sequencing was used to further characterize the PCR-detected RTI pathogens.Results: Of 1812 symptomatic adults, 21 (1.2%) tested SARS-CoV-2-positive.Within the COVID-19 negative outpatient subset, 33/50 subjects (66%) had a positive PCR result for a common community RTI virus, consisting of human parainfluenza virus 3-4 (hPIV 3-4) in 25/50 (50%), rhinovirus (hRV) in 2 (4%), hPIV4-hRV co-infection in 4 (8%) and adenovirus or the OCR43/HKU-1 coronavirus in 2 (4%) cases; no IAV was detected.Virome sequencing allowed to reconstruct sequences of most PCR-identified rhinoviruses and hPIV-3/human respirovirus-3.Conclusions: COVID-19 was cause to a low proportion of symptomatic RTI among adults.Among COVID-negative participants, symptomatic RTI was predominantly associated with hPIV and hRV.Therefore, respiratory viruses other than SARS-CoV-2 should be considered in the clinical management and prevention of adult RTI in the post-
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,120 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,002 |
| Communication savante | 0,010 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,374 | 0,201 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».