Identification of key genes and imbalance of immune cell infiltration in immunoglobulin A associated vasculitis nephritis by integrated bioinformatic analysis
Notice bibliographique
Résumé
Background: IgAV, the most common systemic vasculitis in childhood, is an immunoglobulin A-associated immune complex-mediated disease and its underlying molecular mechanisms are not fully understood. This study attempted to identify differentially expressed genes (DEGs) and find dysregulated immune cell types in IgAV to find the underlying pathogenesis for IgAVN. Methods: GSE102114 datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database to identify DEGs. Then, the protein-protein interaction (PPI) network of the DEGs was constructed using the STRING database. And key hub genes were identified by cytoHubba plug-in, performed functional enrichment analyses and followed by verification using PCR based on patient samples. Finally, the abundance of 24 immune cells were detected by Immune Cell Abundance Identifier (ImmuCellAI) to estimate the proportions and dysregulation of immune cell types within IgAVN. Result: were verified significantly upregulated in more patients. Enrichment analyses indicated that hub genes were primarily enriched in Toll-like receptor (TLR) signaling pathway, nucleotide oligomerization domain (NOD)-like receptor signaling pathway, and Th17 signaling pathways. Moreover, we found a diversity of immune cells in IgAVN, consisting mainly of T cells. Finally, this study suggests that the overdifferentiation of Th2 cells, Th17 cells and Tfh cells may be involved in the occurrence and development of IgAVN. Conclusion: We screened out the key genes, pathways and maladjusted immune cells and associated with the pathogenesis of IgAVN. The unique characteristics of IgAV-infiltrating immune cell subsets were confirmed, providing new insights for future molecular targeted therapy and a direction for immunological research on IgAVN.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».