MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4328127933 · doi:10.1038/s41467-023-36942-x

A symbiotic physical niche in Drosophila melanogaster regulates stable association of a multi-species gut microbiota

2023· article· en· W4328127933 sur OpenAlexafffund
Ren Dodge, Eric W. Jones, Haolong Zhu, Benjamin Obadia, Daniel J. Martinez, Chenhui Wang, Andrés Aranda-Díaz, Kevin Aumiller, Zhexian Liu, Marco Voltolini, Eoin Brodie, Kerwyn Casey Huang, Jean M. Carlson, David A. Sivak, Allan C. Spradling, William B. Ludington

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueInsect symbiosis and bacterial influences
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesInstitute for Collaborative BiotechnologiesLaboratory Directed Research and DevelopmentLawrence Berkeley National LaboratoryDivision of Mathematical SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of General Medical SciencesArmy Research OfficeNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaStanford Bio-XCarnegie Institution for ScienceUniversität für Bodenkultur WienSan José State UniversityU.S. Department of EnergySiebel Scholars FoundationDavid and Lucile Packard FoundationPacific Institute for the Mathematical SciencesCarnegie Institution of WashingtonNational Institutes of HealthCanada Research ChairsHoward Hughes Medical InstituteNational Science Foundation
Mots-clésBiologyNicheCommensalismHost (biology)BacteriaSymbiosisMicrobiomeColonizationGut floraDrosophila melanogasterMicrobiologyEcologyZoologyGeneticsBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The gut is continuously invaded by diverse bacteria from the diet and the environment, yet microbiome composition is relatively stable over time for host species ranging from mammals to insects, suggesting host-specific factors may selectively maintain key species of bacteria. To investigate host specificity, we used gnotobiotic Drosophila, microbial pulse-chase protocols, and microscopy to investigate the stability of different strains of bacteria in the fly gut. We show that a host-constructed physical niche in the foregut selectively binds bacteria with strain-level specificity, stabilizing their colonization. Primary colonizers saturate the niche and exclude secondary colonizers of the same strain, but initial colonization by Lactobacillus species physically remodels the niche through production of a glycan-rich secretion to favor secondary colonization by unrelated commensals in the Acetobacter genus. Our results provide a mechanistic framework for understanding the establishment and stability of a multi-species intestinal microbiome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,939
Score d'incertitude au seuil0,247

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations76
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNature CommunicationsMême sujetInsect symbiosis and bacterial influencesTravaux en français237 207