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Enregistrement W4328132512 · doi:10.1101/2023.03.19.533333

Ras-dependent activation of BMAL2 regulates hypoxic metabolism in pancreatic cancer

2023· preprint· en· W4328132512 sur OpenAlexfundno aff
Sam R. Holmstrom, Cristina Castillo, Carmine F. Palermo, Stephen A. Sastra, Anthony Andren, Li Zhang, Tessa Y. S. Le Large, Irina R. Sagalovskiy, Daniel R. Ross, Winston Wong, Kaitlin Shaw, Jeanine M. Genkinger, Gulam A. Manji, Alina C. Iuga, Roland M. Schmid, Kristen Johnson, Michael A. Badgley, Costas A. Lyssiotis, Yatrik M. Shah, Andrea Califano, H. Carlo Maurer, Kenneth P. Olive

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer, Hypoxia, and Metabolism
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesDeutsche KrebshilfeLustgarten FoundationNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthRevolution MedicinesConsortium canadien en neurodégénérescence associée au vieillissementPancreatic Cancer Action Network
Mots-clésPancreatic cancerCancer researchMetabolismChemistryCancerBiologyInternal medicineBiochemistryMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary KRAS is the archetypal oncogenic driver of pancreatic cancer. To identify new modulators of KRAS activity in human pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), we performed regulatory network analysis on a large collection of expression profiles from laser capture microdissected samples of PDAC and benign controls. We discovered that BMAL2, a member of the PAS family of transcription factors, promotes tumor initiation, progression, and post-resection survival, and is highly correlated with KRAS activity. Functional analysis of BMAL2 target genes suggested a role in regulating the hypoxia response, a hallmark of PDAC. Knockout of BMAL2 in multiple human PDAC cell lines reduced cancer cell viability, invasion, and glycolysis, leading to broad dysregulation of cellular metabolism, particularly under hypoxic conditions. We find that BMAL2 directly regulates hypoxia-responsive target genes and is necessary for the stabilization of HIF1A under low oxygen conditions, while simultaneously destabilizing HIF2A. Notably, in vivo xenograft studies demonstrated that BMAL2 loss significantly impairs tumor growth and reduces tumor volume, underscoring its functional importance in tumor progression. We conclude that BMAL2 is a master transcriptional regulator of hypoxia responses in PDAC that works downstream of KRAS signaling, possibly serving as a long-sought molecular switch that distinguishes HIF1A- and HIF2A-dependent modes of hypoxic metabolism. Statement of Significance We annotate the landscape of KRAS-associated transcriptional drivers of pancreatic cancer initiation, progression, and overall survival, leading to the identification of BMAL2 as a novel regulator of hypoxic metabolism. BMAL2 helps execute the oncogenic transcriptional programs of KRAS and serves as a long-sought switch between HIF1A- and HIF2A-dependent modes of hypoxic metabolism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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