Genetic diversity of listeria found in the meat processing environment
Notice bibliographique
Résumé
Background. The safety of food production in relation to listeria is the key to the sanitary safety of the manufactured products. Molecular genetic methods for the analysis of listeria, including whole genome sequencing, are effective in monitoring persistent contaminants and in the epidemic investigation of foodborne infections. They have been adopted by the European Union, the USA and Canada. In Russia, multilocus and whole genome sequencing has proven itself in the analysis of clinical, food isolates, and listeria from the environment. The purpose of this work was to provide molecular genetic characterization of listeria found in meat processing plants. Material and methods. Microbiological methods, according to GOST 32031-2012, as well as multilocus sequencing, including the analysis of 7 housekeeping genes and 4 virulence genes, and genome-wide sequencing were used to characterize the isolated Listeria isolates. Results and discussion. Listeria monocytogenes accounted for 81% of washes sampled at two meat processing plants in Moscow, and 19% for L. welshimeri. The predominant genotype (Sequence Type, ST) of L. monocytogenes was ST 8. The variety was supplemented by ST321, ST121, ST2330 (CC9 — Clonal Complex 9). L. welshimeri, which prevailed in the second production, was represented by ST1050 and 2331. The genomic characteristics of L. welshimeri isolates confirmed their high adaptability both to production conditions (including resistance to disinfectants) and to metabolic characteristics of the gastrointestinal tract of animals. L. monocytogenes CC9 and CC121 and in other countries correlate with food production. However, L. monocytogenes CC8 and 321 can cause invasive listeriosis. The coincidence of the internalin profile of the production isolate ST8 with the clinical isolate ST8 and ST2096 (CC8) raises suspicion. Conclusions. The study showed the effectiveness of molecular genetic methods in determining the diversity of listeria found in meat processing plants and laid the foundations for monitoring persistent contaminants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».