What is the biological significance of DNA methylation-based estimators of telomere length? An assessment using the paternal age at conception effect and measures of external validity
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation (DNAm) based estimators of telomere length (TL) have been shown to better correlate with TL associated factors/outcomes than measured TL itself. Here, we examined the DNAm based estimator of TL (DNAmTL), the principal component version of DNAmTL (PCDNAmTL), qPCR measured TL (qPCR-TL), and southern blot measured TL in the same samples from a cohort from metropolitan Cebu, Philippines. In a pre-registered analysis, we examined the association between paternal age at conception (PAC) and offspring TL to better understand the meanings and utilities of PCDNAmTL and DNAmTL. We predicted that the nature of PCDNAmTL markings should determine whether they change in sperm with age and are passed on to the zygote like TL is. We failed to find an association between PAC and PCDNAmTL, but did find a positive association of paternal grandfather’s age at father’s conception predicting grandchild’s PCDNAmTL. Surprisingly, on almost all measures of external validity (correlations with parental TLs, southern blot TL, and age) qPCR-TL outperformed PCDNAmTL and DNAmTL. qPCR-TL showed a significantly stronger association with maternal qPCR-TL than PCDNAmTL and DNAmTL did. Similarly, qPCR-TL showed a significantly greater association with southern blot TL than PCDNAmTL or DNAmTL and the “kilobase” units of DNAm-based estimators of TL showed considerable deviations from southern blot derived kilobase measures. Also, surprisingly, for all of the measures of external validity DNAmTL outperformed PCDNAmTL. Overall, these findings suggest that PCDNAmTL and DNAmTL are not reliable indices of inherited aspects of TL and underscore uncertainty about the biological meaning of these measures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,031 | 0,063 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».