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Enregistrement W4361217594 · doi:10.3389/fcell.2023.1176739

Editorial: The isotypes of α, β and γ tubulin: From evolutionary origins to roles in metazoan development and ligand binding differences

2023· editorial· en· W4361217594 sur OpenAlexaff
Jeffrey R. Moore, Richard F. Ludueña, Jack A. Tuszyński

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Cell and Developmental Biology · 2023
Typeeditorial
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrotubule and mitosis dynamics
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyTubulinCell biologyEvolutionary biologyMicrotubule

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Editorial on the Research Topic The isotypes of α, β and γ tubulin: From evolutionary origins to roles in metazoan development and ligand binding differences Tubulin, found in all eukaryotes, exists in many forms: α, β, γ, and others.α and β form a heterodimer, polymerizing into microtubules, often nucleated by γ.Not surprisingly, for a protein that has existed since eukaryotic cells appeared billions of years ago, α, β, and γ diverged into different forms---isotypes---with different amino acid sequences encoded by different genes.This Research Topic explores tubulin isotypes and addresses their evolutionary, functional and medical significance. Evolutionary significance of tubulin isotypesFor a better perspective we must dive into the origin of tubulin, which is itself a member of a superfamily, including the eubacterial FtsZ as well as other proteins found in many prokaryotes and even viruses.These proteins form filaments and bind to GTP and have similar primary and tertiary structures (reviewed in Ludueña, 2013).An algorithm based on a model for the evolution of the genetic code, places FtsZ among the oldest 10 proteins, coming in third after ferredoxin and slightly older than proteins involved in nucleic acid metabolism (Davis, 1999;Davis, 2002).FtsZ participates in bacterial cell division and binds to membranes and actin filaments.Fulton's introductory essay explains the origin of the "multi-tubulin hypothesis," the idea that there have to be distinct types of tubulin performing different functions.In Naegleria, a unicellular organism that goes from an amoeboid to a flagellated stage, the former contains microtubules that form the mitotic spindle, while the latter has them forming flagella.The Fulton laboratory showed, using 35 S-methionine, that flagellar tubulin formed de novo, meaning that the mitotic spindle tubulins were not recycled into flagella, suggesting that there had to be more than one set of αand β-tubulins.Gene sequencing

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Éditorial · Signal consensuel: Éditorial
Score de désaccord entre enseignants0,029
Score d'incertitude au seuil0,096

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0030,002
Communication savante0,0050,004
Science ouverte0,0030,001
Intégrité de la recherche0,0090,012
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0290,019

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreÉditorial

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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