Hyphomicrobium spp. thriving at lanthanide-enriched sites can complement biomining alternatives
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Current biomining alternatives focus on exploiting metal-binding proteins with an exceptional affinity for lanthanides (Ln3+). Herein, we developed an in-silico competition model for ionic binding indicating the α-proteobacterium, Hyphomicrobium methylovorum, possesses a protein that potentially binds Ln3+ more efficiently than previous homologous protein studies demonstrate. Data regarding microbial receptors mediating acquisition of Ln3+ for intracellular transport, however, remain scarce. We therefore determined the in-silico binding capacity of an H. methylovorum outer membrane receptor for a chelating siderophore of Ln3+. These in-silico results directed us to examine the microbiome of a former coal mine, now metal-polluted lake in Czechia, where we identified twelve distinct Hyphomicrobium spp. indigenous to the bottom ferruginous waters. As consortia members of Fe(II)-/Mn(II)-oxidizers within waters often enriched in Ln3+, our findings suggest that select Hyphomicrobium possess a sufficient molecular armament for scavenging Ln3+. Hyphomicrobium scavenging capacity of Ln3+ can complement and diversify current alternatives implementing biotechnological mining methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».