Data from ARID1A Mutation May Define an Immunologically Active Subgroup in Patients with Microsatellite Stable Colorectal Cancer
Notice bibliographique
Résumé
<div>AbstractPurpose:<p>AT-rich interactive domain 1A (<i>ARID1A</i>) is commonly mutated in colorectal cancer, frequently resulting in truncation and loss of protein expression. ARID1A recruits MSH2 for mismatch repair during DNA replication. ARID1A deficiency promotes hypermutability and immune activation in preclinical models, but its role in patients with colorectal cancer is being explored.</p>Experimental Design:<p>The DNA sequencing and gene expression profiling of patients with colorectal cancer were extracted from The Cancer Genome Atlas and MD Anderson Cancer Center databases, with validation utilizing external databases, and correlation between ARID1A and immunologic features. IHC for T-cell markers was performed on a separate cohort of patients.</p>Results:<p>Twenty-eight of 417 patients with microsatellite stable (MSS) colorectal cancer (6.7%) had <i>ARID1A</i> mutation. Among 58 genes most commonly mutated in colorectal cancer, <i>ARID1A</i> mutation had the highest increase with frameshift mutation rates in MSS cases (8-fold, <i>P</i> < 0.001). In MSS, <i>ARID1A</i> mutation was enriched in immune subtype (CMS1) and had a strong correlation with IFNγ expression (Δ<i>z</i> score +1.91, <i>P</i> < 0.001). Compared with <i>ARID1A</i> wild-type, statistically significant higher expression for key checkpoint genes (e.g., PD-L1, CTLA4, and PDCD1) and gene sets (e.g., antigen presentation, cytotoxic T-cell function, and immune checkpoints) was observed in mutant cases. This was validated by unsupervised differential expression of genes related to immune response and further confirmed by higher infiltration of T cells in IHC of tumors with <i>ARID1A</i> mutation (<i>P</i> = 0.01).</p>Conclusions:<p>The immunogenicity of <i>ARID1A</i>-mutant cases is likely due to an increased level of neoantigens resulting from increased tumor mutational burden and frameshift mutations. Tumors with <i>ARID1A</i> mutation may be more susceptible to immune therapy–based treatment strategies and should be recognized as a unique molecular subgroup in future immune therapy trials.</p></div>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».