Supplementary Methods and Data from Intratumoral Genetic and Functional Heterogeneity in Pediatric Glioblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Supplemental Figures S1-S7, Supplemental Tables S1-S7. Methods and Figures S1-S8; Tables S1-S7. SF1: Heterozygous TP53 deletion in the germline and tumor of patient 1 and expression timelines of DSE. SF2: Mutational signatures in pGBM samples. SF3: Deletions at immune-modulatory loci and their effect on gene expression. SF4: Dynamics of germlines SVs during tumor evolution. SF5: Copy number assays using TaqMan probes confirm the deletion at the ATRX locus. SF6: Genetic heterogeneity at the ATRX locus. SF7: Distribution of allelic frequencies and clonal sizes in pGBM samples. ST1: Calgary pediatric GBM cohort. ST2: Therapeutic approach taken for each pediatric GBM patient in the Calgary cohort. ST3: Toronto pediatric GBM cohort used for WGS with linked reads and bulk RNA-seq. ST4: Features of each sample analyzed by whole-genome sequencing with linked reads. ST5: Genes mutated in diagnostic pGBM samples in more than one patient. ST6: Genes mutated in follow-up resections in more than one patient. ST7: Results of the fits of the first incomplete moment and the negative binomial like distribution to the samples.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,591 | 0,138 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».