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Enregistrement W4362453004 · doi:10.1101/2023.03.31.535026

Uip4 governs growth phase dependent organelle remodeling by modulating <i>Saccharomyces cerevisiae</i> lipidome

2023· preprint· en· W4362453004 sur OpenAlexfundno aff
Pallavi Deolal, Kathirvel Ramalingam, Bhaskar C. Das, Krishnaveni Mishra

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesTata Memorial CentreUniversity of HyderabadScience and Engineering Research BoardWeizmann Institute of ScienceCouncil of Scientific and Industrial Research, IndiaUniversity of Alberta
Mots-clésCell biologyOrganelleLipidomeSaccharomyces cerevisiaeEndoplasmic reticulumBiologyLipid dropletVacuoleTranscription factorBiogenesisOrganelle biogenesisCytoplasmYeastBiochemistryLipid metabolismGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract When yeast cells are exposed to nutrient-limiting conditions, they undergo transcriptional and translational reprogramming that results in the remodelling of metabolite utilization and organelle architecture. Organelle membranes and contacts also undergo structural and functional alterations. In the budding yeast Saccharomyces cerevisiae, regulated expression of Uip4 is shown to be a critical effector of nuclear shape and function, particularly during the stationary phase. In this work, we demonstrate that the absence of UIP4 affects the morphology of multiple other organelles including mitochondria, endoplasmic reticulum, vacuole and the distribution of lipid droplets. The results show that modulating carbon source, nitrogen availability and cellular energy state impact Uip4 expression. This expression of Uip4 is controlled by the transcription factor Msn2, downstream of Sch9 signaling pathway. Cells lacking Uip4 have poor survival in the stationary phase of the growth cycle. These cellular changes are concomitant with dysregulation of the global lipidome profile and aberrant organelle interaction. We propose that the dynamic and regulated expression of Uip4 is required to maintain lipid homeostasis and organelle architecture which is ultimately required to survive in nutrient limiting conditions such as stationary phase.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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