Trends in serotype distribution and disease severity in adults hospitalised with <i>Streptococcus pneumoniae</i> infection in Bristol and Bath: a retrospective cohort study, 2006-2022
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Ongoing surveillance is essential to inform policy decisions and monitor serotype replacement following pneumococcal conjugate vaccination (PCV) deployment. We report serotype and disease severity trends in this retrospective cohort of hospitalised adults in Bristol-Bath, 2006-22. Of 1686 invasive pneumococcal disease (IPD) cases, 1501 (89.0%) had known serotype. We also identified 2033/3719 cases of non-IPD. IPD declined sharply during the early COVID-19 pandemic. Over 2022 it gradually returned to pre-pandemic levels. Disease severity also changed throughout this period: CURB65 severity and inpatient mortality decreased whilst ICU admissions increased. PCV7 and PCV13-serotype IPD decreased from 2006-09 to 2021-22. However, significant residual PCV13-serotype IPD remains, representing 21.7% [15.5-29.6] of 2021-22 cases, highlighting that significant adult PCV-serotype disease still occurs despite 17-years of paediatric PCV usage in the UK. We found increased proportions of serotype 3 and 8 IPD, whilst 19F and 19A re-emerged. In 2020-22, 68.2% IPD cases were potentially covered by PCV20. Article Summary We observed significant serotype shifts but perseverance and re-emergence of some serotypes covered by PCVs over this 17-year retrospective study, which found considerable adult pneumococcal disease attributable to PCV-serotypes despite high uptake of paediatric PCV.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».