Abstract 4755: Screening non-small cell lung cancer organoids with epigenetic probes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: NSCLC is associated with high cancer-related mortality worldwide. Epigenetic modifications at the chromatin level have widely been linked to carcinogenesis. Epigenetic regulation not only contributes to the development of cancer, but it may also confer resistance to therapies by promoting the survival of clones that can overcome treatment-induced stress or give rise to complex tumor heterogeneity in response to cancer therapy. Investigating susceptibility resulting from epigenetic aberrations in tumor cells may reveal novel markers of therapies that target epigenetic aberrations. In this study, we treated NSCLC organoid models with a library of 41 epigenetic probes to identify epigenetic targets that affect tumor cell survival. Methods: Epigenetic screen. NSCLC organoid models were established from resected patient tumors or patient-derived xenografts. Organoids were dissociated into single cells and plated in matrigel-coated 384-well plate. Each model was treated with a library of epigenetic probes (1uM) and a DMSO control over a period of 8 days. Library was provided by Structural Genomics Consortium (www.thesgc.org) and contained compounds targeting a variety of protein domains some of which had activity on acetylation, methylation, histone de-methylation etc. CellTiter-Glo assay was performed to measure cell survival. Results: Among the epigenetic probe compounds tested on 26 models, LLY 283 (PRMT5 inhibitor) showed the most significant effect on inhibition of cell growth in 69% of organoid models (18/26) with suppression of >=40% as compared to the DMSO control. To assess differential responses to treatment with LLY 283, four organoid models were treated with 21 different concentrations of PRMT5 inhibitor. Growth curves of a sensitive (XDO181) and a less sensitive (XDO4056) models were compared. For XDO181 and XDO4056, IC50 values were calculated to be 4.7 nM and 31.8 nM respectively, indicating that a less sensitive model is associated with a 7-fold increase in IC50 value compared to the sensitive model. Conclusion: A screen using epigenetic compounds on NSCLC patient-derived organoids revealed sensitivity to PRMT5 inhibitor in 69% of the organoid models tested. Further investigation will explore the mechanisms that are associated with sensitivity to PRMT5 inhibition. Citation Format: Khadija Jafarova, Panagiotis Prinos, Nikolina Radulovich, Takamasa Koga, Cheryl Arrowsmith, Geoffrey Liu, Ming Sound Tsao. Screening non-small cell lung cancer organoids with epigenetic probes. [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2023; Part 1 (Regular and Invited Abstracts); 2023 Apr 14-19; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2023;83(7_Suppl):Abstract nr 4755.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».