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Enregistrement W4362641012 · doi:10.1186/s12896-023-00779-5

Simplified cloning and isolation of peptides from “sandwiched” SUMO-peptide-intein fusion proteins

2023· article· en· W4362641012 sur OpenAlex
Tess Lamer, John C. Vederas

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueBMC Biotechnology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesUniversity of Alberta
Mots-clésInteinFusion proteinBiologyProtein tagPeptideCloning (programming)Multiple cloning siteBiochemistryProtein engineeringPlasmidTarget proteinRecombinant DNAMolecular biologyDNAExpression vectorGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Some peptides are targets for degradation when heterologously expressed as fusion proteins in E. coli , which can limit yields after isolation and purification. We recently reported that peptide degradation may be prevented by production of a “sandwiched” SUMO-peptide-intein (SPI) fusion protein, which protects the target peptide sequence from truncation and improves yield. This initial system required cloning with two commercially available vectors. It used an N-terminal polyhistidine tagged small ubiquitin-like modifier (SUMO) protein and a C-terminal engineered Mycobacterium xenopii DNA Gyrase A intein with an inserted chitin binding domain (CBD) to create “sandwiched” fusion proteins of the form: His 6 -SUMO-peptide-intein-CBD. However, the major drawback of this previously reported fusion protein “sandwich” approach is the increased time and number of steps required to complete the cloning and isolation procedures, relative to the simple procedures to produce recombinant peptides in E. coli from a single (non-“sandwiched”) fusion protein system. Results In this work we generate the plasmid pSPIH6, which improves upon the previous system by encoding both the SUMO and intein proteins and allows facile construction of a SPI protein in a single cloning step. Additionally, the Mxe GyrA intein encoded in pSPIH6 contains a C-terminal polyhistidine tag, resulting in SPI fusion proteins of the form: His 6 -SUMO-peptide-intein-CBD-His 6 . The dual polyhistidine tags greatly simplify isolation procedures compared to the original SPI system, which we have here demonstrated with two linear bacteriocin peptides: leucocin A and lactococcin A. The yields obtained for both peptides after purification were also improved compared to the previous SPI system as a result of this streamlined protocol. Conclusions This modified SPI system and its simplified cloning and purification procedures described here may be generally useful as a heterologous E. coli expression system to obtain pure peptides in high yield, especially when degradation of the target peptide is an issue.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil0,654

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle