Exploring the genetic and genomic connection underlying neurodegeneration with brain iron accumulation and the risk for Parkinson’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Neurodegeneration with brain iron accumulation (NBIA) represents a group of neurodegenerative disorders characterized by abnormal iron accumulation in the brain. In Parkinson's Disease (PD), iron accumulation is a cardinal feature of degenerating regions in the brain and seems to be a key player in mechanisms that precipitate cell death. The aim of this study was to explore the genetic and genomic connection between NBIA and PD. We screened for known and rare pathogenic mutations in autosomal dominant and recessive genes linked to NBIA in a total of 4481 PD cases and 10,253 controls from the Accelerating Medicines Partnership Parkinsons' Disease Program and the UKBiobank. We examined whether a genetic burden of NBIA variants contributes to PD risk through single-gene, gene-set, and single-variant association analyses. In addition, we assessed publicly available expression quantitative trait loci (eQTL) data through Summary-based Mendelian Randomization and conducted transcriptomic analyses in blood of 1886 PD cases and 1285 controls. Out of 29 previously reported NBIA screened coding variants, four were associated with PD risk at a nominal p value < 0.05. No enrichment of heterozygous variants in NBIA-related genes risk was identified in PD cases versus controls. Burden analyses did not reveal a cumulative effect of rare NBIA genetic variation on PD risk. Transcriptomic analyses suggested that DCAF17 is differentially expressed in blood from PD cases and controls. Due to low mutation occurrence in the datasets and lack of replication, our analyses suggest that NBIA and PD may be separate molecular entities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».