A novel H and E color augmentation for domain invariance classification of unannotated histopathology prostate cancer images
Notice bibliographique
Résumé
Most current deep learning models for hematoxylin and eosin (H&E) histopathology image analysis lack the power of generalization to datasets collected from other institutes due to the domain shift in the data. In this research, we study the domain shift problem on two prostate cancer (PCa) datasets collected from the Vancouver Prostate Centre (source dataset) and the University of Colorado (target dataset) and develop a novel center-based H&E color augmentation for cross-center model generalization. While previous work used methods such as random augmentation, color normalization, or learning domain-independent features to improve the robustness of the model to changes in H&E stains, our method first augments the H&E color space of the source dataset to color space of both datasets and then adds random color augmentation. Our method covers the larger range of the color distribution of both institutions resulting in a better generalization. We compared our method with two different State-Of-The-Art (SOTA) un-annotated domain adaptation methods: color normalization and unsupervised domain adversarial neural network (DANN) training, with an ablation study. Our proposed method improves the model performance on both the source and target datasets, and has the best performance on the unlabeled target dataset, showing promise as an approach to learning more generalizable features for histopathology image analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».