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Enregistrement W4362696568 · doi:10.1186/s12977-023-00619-6

Biomolecular condensates: insights into early and late steps of the HIV-1 replication cycle

2023· review· en· W4362696568 sur OpenAlexafffund
Francesca Di Nunzio, Vladimir N. Uversky, Andrew J. Mouland

Notice bibliographique

RevueRetrovirology · 2023
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA Research and Splicing
Établissements canadiensMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchAgence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites ViralesStyrelsen för Internationellt Utvecklingssamarbete
Mots-clésViral replicationBiologySubgenomic mRNAComputational biologyVirologyViral evolutionViral entryGenomeVirusGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A rapidly evolving understanding of phase separation in the biological and physical sciences has led to the redefining of virus-engineered replication compartments in many viruses with RNA genomes. Condensation of viral, host and genomic and subgenomic RNAs can take place to evade the innate immunity response and to help viral replication. Divergent viruses prompt liquid-liquid phase separation (LLPS) to invade the host cell. During HIV replication there are several steps involving LLPS. In this review, we characterize the ability of individual viral and host partners that assemble into biomolecular condensates (BMCs). Of note, bioinformatic analyses predict models of phase separation in line with several published observations. Importantly, viral BMCs contribute to function in key steps retroviral replication. For example, reverse transcription takes place within nuclear BMCs, called HIV-MLOs while during late replication steps, retroviral nucleocapsid acts as a driver or scaffold to recruit client viral components to aid the assembly of progeny virions. Overall, LLPS during viral infections represents a newly described biological event now appreciated in the virology field, that can also be considered as an alternative pharmacological target to current drug therapies especially when viruses become resistant to antiviral treatment.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,993
Score d'incertitude au seuil0,604

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,319
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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